乙烷的振动频率和红外光谱

创造乙烷分子

1. Open AMSinput

接下来我们创造一个乙烷分子:

1. 选择 the C-tool (CTOOL.)
2. 在分子绘图区域中单击一次以制作碳原子
3. 再次单击以制作第二个碳原子
4. 选择 原子→加氢
5. 再做一次: 原子→加氢
6. 点击预先优化 preoptimtool.
7. 单击“对称”按钮 Symmtool.
../_images/t3-3-ethane.png

您需要两次加氢:第一次选择一个碳原子。 因此,“加入氢”命令仅将氢添加到仅选定的原子中。 通过重复“添加氢气”命令,在所有可能的地方加入氢。

使用Symmol程序,对称化应强制完善D(3D)对称性(有关详细信息,请参阅该按钮上的帮助气球)。

几何优化和振动频率计算

我们现在将成立一个 几何优化 其次是A. 频率 calculation:

在主要的ADF小组中:
1. 选择 任务→几何优化
2. 检查 频率 check-box
../_images/t3-4-main.png.

现在运行计算:

在AmsInpul.
1. 在里面 菜单栏, 选择 文件→运行 (让你的计算一个很好的名字,例如,'ethane')
等待计算完成(检查日志文件)...
2. 在完成计算完成后的对话框中,单击“是”以导入优化的几何

可视化IR光谱,正常模式

可以使用AMSSpectra模块可视化IR频谱。

在AmsInpul.
1. 在里面 菜单栏 选择 SCM→光谱
../_images/t3-5-spectra.png

在窗口的左侧,显示分子(乙烷)。

在右侧,显示IR光谱。

小费

  • 将图片(IR频谱)另存为图像: 文件→保存图片... (PNG by default)
  • 将频谱的XY坐标导出到纯文本文件: 文件→导出XY值.......
  • 将峰值位置和强度导出到纯文本文件: 文件→导出XY峰.......

在光谱窗口下面,表显示了有关峰的细节。

您可以单击频谱中的峰值,或在表中选择一行:

1. 单击表中强度(约58 km / mol)的模式
../_images/t3-5-normalmode.png

分子的原子应根据所选的正常模式进行动画(另请参阅其中的选项 菜单栏中的菜单)。

要查看另一个正常模式,您可以使用左右箭头键来移动它们。

您可以通过菜单命令或通过键盘上的向上和向下箭头键进行更大或更小的位移 (单击图形或分子窗口后)。

要将正常模式显示为向量:

1. 单击分子窗口以确保它具有输入焦点
2. 点击 播放→位移向量 用vectors可视化正常模式
../_images/t3-5-normalmodevecs.png.

您可以使用相同的Ctrl / cmd-l / k或箭头向上和向下使向量变大或更小。

您还可以在Amsmovie中可视化正常模式(提供一些额外的选项,例如,您可以制作一个MPG电影显示模式)

在菜单栏中,选择 播放→在Amsmovie中的开放模式

在Amsmovie中,您有一些额外的高级选项,例如,您可以制作一个MPG电影显示模式。

您可以通过在菜单栏中选择所有开放的AMS-GUI窗口 SCM→退出所有,