覆盖原子的addRemove方法

每当一个区域的定义通过共价键(或者更好地放置时,每当有一定工作中有悬挂债券的冲突时,就会自动添加封端原子以满足边界原子的价值(参见下图) )。暂时,程序自动将氢添加为封端原子,这将来可以改变为包括其他元素,如果需要,也可以包括其他元素。

_images / image012.png.

根据addRemove方法添加封端原子[40[其中封端原子在总系统中遵循真实原子的位置。 IE。封端原子沿着悬空共价键的载体定位,并且在对应于封端原子的共价半径和附着封端原子的原子的距离的距离。因为封端原子被添加到有效位点,以进行高级和低级QM计算,因为在这两种情况下具有可能的类似效果,所以封端原子与真正的有源站点原子的相互作用良好近似(在低级和更高级别的QM计算之间取出总效果。在addRemove模型中,能量和梯度以类似的方式处理(与将“人工”封盖原子的梯度投影到“真实”原子的梯度上的其他模型不同。 addRemove模型先前是[40[QM / MM计算中,在QM和MM区域之间的边界周围的几何形状表现良好。

总之,addRemove模型[40]有几个优点:简单,能量和梯度(和黑森州)以类似的方式处理(与其他模型不同,例如将封盖原子的梯度投射到真实原子的梯度上)。此外,封端原子在预定距离处遵循真正的原子,因此通过包括封端原子,不添加人工自由度。在严格的意义上,甚至可以争辩说封装原子的相互作用是始终如一地进行的,以便与多级方法所做的选择。

只有一种情况下,果汁程序内的addRemove模型的使用并不简单,并且由mm区域带来悬挂键(见上图,右下方)。 MM区域的描述在显式上依赖于力字段,其反过来需要用于MM区域中的每个原子的ATOMTYPE,该ATOMTYPE应该由用户提供的,以及所有原子的所有连接表一起。当激励程序自动添加封端原子(\(h_ \ text {cap} \) 在上图)中,用于新液的描述子块的上限区域(上图,底部右图)应包括用于自动添加的覆盖(氢)原子的AtomType和连接。

如果它们具有带有悬空债券的原子,则程序在多级方案中检查每个作业。它通过将所有包括在该特定工作中的地区进行这一点;检查区域的顺序取决于区域输入(!)的给出方式。例如,在下行中,首先检查区域2,然后将区域2视为第二个区域1:

REPLACE region 2 region 1    description 3 for description 2

为了检查每个区域中的悬空键,程序顺序地通过所有原子进行,并检查它们是否属于该特定区域;如果是的话,如果原子有一个悬空债券(作为C.\(_\α\) 在上图中具有上图中的原子)加入封端原子,其沿着这种悬空键定位。