地区

AmsInput中的一个区域被定义为原子的集合。原子可以存在于一个或多个区域中。

在GUI中,它们用于许多目的。例如,要改变部分分子的可视化样式,以设置片段计算,或设置像Quild,QMMM或FDE等其他多级计算。

当使用滑块更改距离或角度时,您可以使用区域到组原子(因此它们移动)。

选择区域面板(在面板栏模型部分中)时,您会发现已经定义了一个区域:全部。该地区由您的分子的所有原子组成,并且总是存在。

要添加新区域,请单击+按钮。如果在按此按钮时选择了任何原子,则会自动添加到此新区域。有了这个新的地区,你可以做一些事情:

  • 单击 - 按钮:删除该区域。请注意,只删除该区域,而不是其中的原子。
  • 复选框:这选择了该区域中当前的所有原子。在您的分子显示中,您可以轻松地查看其中的原子,并且还可以告诉您该区域中包含了多少个原子。
  • 单击区域名称以更改名称
  • 单击复选框(类似V形状)以以图形方式显示区域
  • +按钮(在右侧):将当前所选原子添加到此区域
  • - 按钮(在右侧):从该区域删除当前所选原子
  • 单击三角形以访问弹出菜单,其中包含适用于该区域的多个命令。

每个区域的弹出菜单具有以下选项:

  • 分子分配:根据连接,在许多地区拆分区域。因此,没有粘合在一起的部件将全部放入单独的区域中。典型用途是溶剂:首先用明确分子加入溶剂。溶剂分子将自动放入自己的区域。接下来,使用分子命令的拆分将其分成许多小区域。如果所有溶剂分子相同,这导致了与片段或FDE计算的非常大的时间。随着典型用途是用于复制的片段,新生成的区域的命名将使用n个数字使用/ n名称。目前amsInput不检查碎片是否真的相同!
  • 在区域内反转选择:执行反转选择命令,但只是在该区域的原子内。
  • 区域颜色:设置用于可视化该区域的颜色
  • 球和棍棒:使用球和棍子在该区域中显示原子和粘合
  • stick :仅使用棍棒(即原子不可见的原子)显示该区域中的原子和键
  • 线框:仅使用电线框架(再次,可见原子)显示该区域中的原子和键。
  • :不要显示该地区的原子和债券

区域也可以用于数值质量和基础面板:您可以根据每个区域更改每个原子类型的基础。例如,将外部区域的所有碳原子较小。或者您可以设置每个区域的质量(BECKE / ZLM FIT选项和/或基础和核心)。

一种快速简便的方法,使包含当前选择的新区域是使用 原子→来自所选原子的新地区 菜单命令(cmd / ctrl-g)。