分子片段

片段模式

在片段模式下,您必须指定:(1)原子位置和(2)如何从片段中建立总系统。我们建议指定(3)点组对称性。

C2H4分子的输入文件示例:

System
   Atoms
      C   0      0   0.668
      C   0      0  -0.668
      H   0.927  0  -1.203
      H  -0.927  0  -1.203
      H   0.927  0   1.203
      H  -0.927  0   1.203
   end
End

Engine adf.
   碎片
      C C_dzp.results/adf.rkf
      H H_dzp.results/adf.rkf
   end

   对称 D(2h)
EndEngine

原子阻止钥匙 是在输入的AMS驱动程序部分。 发动机ADF部分中使用两个键: 碎片对称.

atoms
定义原子位置:数据块中的每个记录包含原子的化学符号,然后是其千岁的千岁坐标(z矩阵类型的原子位置的输入也是可能的)。
碎片
列出片段文件每个记录包含一个片段 类型 其次是相应的片段 文件。在示例中,文件是 当地的 文件。通过提供完整的文件路径来解决其他目录中的文件。注意:如果是 平行 执行计算,确保每个“孩子”找到指定的片段文件。这通常需要文件是 不是 本地作业,但首先被移动到某些共享卷,并且对输入中的片段文件的引用包含完整路径。另一种方法是确保在并行计算开始之前先将父目录中的(本地)文件复制到“孩子”目录。
对称
指定Schönfliess类型符号的点组对称性。 对称 包含ADF识别的所有SchönFliess符号的完整列表。如果未指定对称性,则ADF将使用核框架的真正对称性。如果 (电)田野 使用,见后,对称将是鼻子。注意,在允许的对称列表中可能不会发生计算的对称性(参见 对称),在这种情况下,您必须明确指定要应用的(较低)点组对称性。

原子坐标必须符合点组对称性;如果原子系统没有指定的对称性,该程序将检查此问题并中止。但是,允许它指定一个 降低 对称性比实际存在于原子位置中的一个。这 指定的 对称性决定了如何分析结果以及如何标记不可缩小的表示和亚种。它还确定各种算法方面:程序以最高可能的对称性更有效地运行。

分子坐标系的空间取向不是任意的。 ADF需要每个点组对称性的特定标准方向。例如,在轴向组中,主旋转轴必须是Z轴。这意味着限制如何定义原子下的原子坐标。列出了所有点组的方向要求 对称。如果指定的对称性等于核框架ADF的真正对称性将调整分子的输入方向(如有必要)。如果您已经指定了真正的核对称的子组,则没有执行这样的定向调整,并且用户必须确保其输入数据产生正确的方向,以免发生错误。

限制适用于分子的对称性(如指定),与片段的对称相关,因为它们在前面的片段计算中规定。在内部旋转或反射片段的分子的所有对称运算符,但在分子中相同的位置离开它,也必须是计算碎片的对称组的运算符。此外,仅通过不正当的旋转,两个片段不得对称相当于分子中的对称性。片段的暗示内部反射必须是在片段计算中使用的点组对称中的对称运算符之一 分子对称基团还必须含有适当的旋转,其彼此映射两个碎片。

C2H4分子的实例隐含地假设所有片段都是 单个原子 碎片。当片段较大时,必须扩展原子键中的数据记录:您必须指定哪个原子属于一个片段。

System
   Atoms
      Ni  0     0     0
      C  -1.06 -1.06  1.06 adf.f=CO|1
      C  -1.06  1.06 -1.06 adf.f=CO|2
      C  -1.06  1.06 -1.06 adf.f=CO|3
      C   1.06 -1.06 -1.06 adf.f=CO|4
      O   1.71  1.71  1.71 adf.f=CO|1
      O  -1.71 -1.71  1.71 adf.f=CO|2
      O  -1.71  1.71 -1.71 adf.f=CO|3
      O   1.71 -1.71 -1.71 adf.f=CO|4
   End
End

Engine adf.
   碎片
      CO CO_yesterday.results/adf.rkf
      Ni Ni_dzp.results/adf.rkf
   End

   SYMMETRY T(D)
EndEngine

另一个示例输入文件;使用单个原子Ni片段和四个分子CO片段。密钥对称性和碎片如以前一样。我们再次有两种类型的碎片(这里是:Ni和Co);对于它们中的每一个,指定了片段文件。

在关键原子下,列出了化学符号和核坐标。添加是adf.f = ... - 截止; F站在此处进行片段,并告诉程序碳和氧原子属于CO片段。 adf.f = co |的最后一部分枚举单个co片段:在这里,您可以在一个CO片段中定义哪个C和O位。

ni的记录不包含adf.f =部分,暗示 默认 对于这个原子:它是一个自己的片段。在C2H4示例中,默认应用于所有原子。

请注意,一个应该使用adf.f =部分用于对称等效片段。在下一个示例中,ADF假定片段CO1,CO2,CO3和CO4,也是不同的片段类型,即使它们来自相同的ADF.RKF(TAPE21)。因此,ADF将在下一次计算中假设对称性鼻子,并且不会以t(d)对称运行。

System
   Atoms
      Ni 0     0     0
      C -1.06 -1.06  1.06 adf.f=CO1
      C -1.06  1.06 -1.06 adf.f=CO2
      C -1.06  1.06 -1.06 adf.f=CO3
      C  1.06 -1.06 -1.06 adf.f=CO4
      O  1.71  1.71  1.71 adf.f=CO1
      O -1.71 -1.71  1.71 adf.f=CO2
      O -1.71  1.71 -1.71 adf.f=CO3
      O  1.71 -1.71 -1.71 adf.f=CO4
   End
End

Engine adf.
   碎片
      CO1 CO_yesterday.results/adf.rkf
      CO2 CO_yesterday.results/adf.rkf
      CO3 CO_yesterday.results/adf.rkf
      CO4 CO_yesterday.results/adf.rkf
      Ni Ni_dzp.results/adf.rkf
   End
End

钥匙原子和碎片有更多的可能性。这是后来的制定。本节的目的是提供快速轻松的启动。

片段文件

adf..RKF(TAPE21)来自构成分子的片段上的ADF计算结果文件完全表征这些片段。必须附加片段adf.rkf(tape21)文件 片段文件。这是通过关键碎片实现的。另请参阅Atom类型,片段类型和片段文件名之间关系的下一节。

碎片 {Directory}
   FragType FragFile
   FragType FragFile
end
FragType
其中一个片段 类型 在原子下定义,明确(adf.f = fragtype | n)或隐式(片段类型=原子类型,如果未使用adf.f =选项)。
FragFile
片段文件:标准adf.rkf(tape21)结果文件从该片段的计算。文件名必须包含相对于目录的完整路径(密钥的参数)。默认情况下,当未指定任何目录时,这是作业运行的本地目录。因此,如果所有文件存在于作业的工作目录中,则可能会省略目录并提供简单(本地)文件名。

显然,Fragfile是 区分大小写。然而,Flagitype也被视为敏感;另见 原子钥匙 讨论(adf.f =选项)。原因是,有快捷方式可以使FragType名称(在原子块中)立即被解释为片段文件的名称。

密钥片段可以在输入文件中使用任何次数。如果您使用相当数量的片段文件,则这是方便的,其中子集位于不同目录中。然后,您可以单独使用每个目录的键,以避免为所有文件键入长路径名。在碎片块中发生的碎片缺陷,但是忽略原子的不引用。对于虚拟原子(xx),必须指定任何片段文件。

允许它使用一个和相同的片段文件以用于不同的片段类型。例子:

ATOMS
   C.1 x1 y1 z1
   C.2 x2 y2 z2
end

碎片
   C.1 C.results/adf.rkf
   C.2 C.results/adf.rkf
end

定义了两个不同的原子类型(和片段类型)C.1和C.2。两个片段类型的属性现在是相同的,因为它们的特征在于相同的片段文件,而是从程序的观点来看,它们不同,因此不能是对称等效的。

您可能想要指定不同的原子类型的原因通常与分析有关,特别是对称方面。如果您提前知道两个原子类型不是对称的等价物,或者更常见,它们在分子中发挥着相当不同的作用,它可以增强印刷输出的清晰度,以为它们分配不同的原子类型名称。但是,请参阅下面的音符。

如果您希望将片段文件成为旋转无限制计算的结果文件,则应使用 无限制 key. 您还可以根据模拟的不受限制片段分析分子,其中使用旋转受限的片段文件和键 碎片围绕 is specified.

假设您已经对分子进行了计算 摩尔,其中您已经确定了相同化学元素的原子的两种不同的原子类型。此外,您想现在使用该分子作为新计算中的片段。

在原子下列出分子的所有原子,并且您指定了哪些原子属于各种碎片,其中分子片段 摩尔。然后,该程序将遇到确定系统中的原子的问题与片段中的不同原子类型相关联。通常,ADF通过比较化学元素来分析这一点。这里不足以,因为一个化学元素对应于多于一种类型的原子 摩尔片段 类型。在这种情况下,它必须使用 相同的原子类型名称 在您在生成片段时使用的新计算中。这些名称存储在片段文件中,并且它们在计算的输出文件中打印 摩尔.

三个项目的名称可能与彼此相关,具体取决于指定输入的方式: 原子类型, 这 片段类型,而且 片段文件.

原子类型在数据块中定义为原子。

片段类型也在数据块中定义为原子:adf.f =选项。对于没有adf.f =选项的数据块中的记录,片段类型名称是根据定义与原子类型名称相同。

片段文件在数据块中定义为片段,每个记录由片段组成 类型 名称,后跟片段 文件。如果在数据块中未列出片段到片段的片段类型,因此没有指定片段文件名,则此碎片 文件 根据定义与片段相同 类型 name.