用安培的力场编辑

在高级Reaxff参数化教程中,Amstrain用于可视化和管理培训集,但它可以做到这一点。本教程将向您介绍一些强制字段编辑功能,最有用的是准备优化运行时:

  • 在优化期间设置主动或冻结参数
  • 设置或猜测参数范围

在以下几行中,您将学习如何使用AMStra此选择和激活Reparamiration Tutorial的初始猜测和参数范围。

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力现场编辑工具允许广泛检查和修改参数和强制场文件。这是从裸露的训练集创建一个完全猜测的力字段。看看 adf.列车手册 概述所有功能。

将力场加载到Amstain中

首先放置要编辑到新文件夹的强制字段文件的副本:

下载 CH.ON-weak.ff force field
将其放入新的(空!)文件夹中

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您可以在AMS主目录(AMS2020.101)→Atomicdata→Forcefields→Reaxff中,找到Amsterdam Modeling Suite附带的所有强制字段。 总是 在编辑任何这些文件之前制作副本。

现在打开一个新的Amstrain实例并加载强制字段文件:

SCM→火车
文件→打开

您将看到强制字段文件的内容显示在AMStrain的底部

../_images/amstrain_ff_editing_1.png.

笔记

Amstrain将自动检查其读取Trainset.in,Params或其他相关优化相关文件的强制字段的目录,并在存在时加载它们。

检查参数

一旦力字段已加载到AMStain中,您可以通过双击任何一个表条目来检查参数。

../_images/amstrain_ff_editing_2.png.

在小弹出窗口中,您将介绍有关该特定参数的信息:

  • 优化:是否应该优化它
  • 价值:它在力场中的当前值
  • :优化中的下限是下限
  • 最大限度:它在优化中是上限
  • 三角洲:有限的步骤中允许参数在优化中变化。

优化字段中呈现的值源于Amsterdam建模套件中包含的所有Reaxff力字段的分析。这些猜测由强大的命令行工具提供 rxffutil.。可以从rxffutil参数gessing中设置rxffutil参数gessing的选项 强制场→rxffutil选项 menu.

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将鼠标悬停在任何参数和Amstain的鼠标指针将显示具有参数名称的帮助气球。使用此名称查找参数 f场文件描述。

编辑参数

在Reaxff参数化教程中概述的推理后,我们希望改装与原子(对)C-O,C-N和N-H相关的参数。

我们开始应用过滤器,因此我们只看到绑定参数:

来自 类型 菜单,选择 债券

接下来,我们在优化期间解冻C-O键的参数。我们可以双击并勾选弹出窗口中的复选框,或者我们使用AMStain快捷方式:

右键单击C-O Bond的第一个参数以激活它
以相同的方式激活所有C-O参数(除了 常量#6,#12和布尔标志#15,#16)
../_images/amstrain_ff_editing_3.png

一旦为优化设置一个参数时,Amstrain将写一个可用于实际优化运行的Params文件。

文件→保存
Go to the folder were you saved CH.ON-weak.ff to find a params file

有关Params文件的更多信息 Params文件文档。

要生成参数化教程中使用的完全相同的参数文件,请激活以下参数:

  • 债券参数:C-O,C-N,N-H.
  • 非对角线参数:C-O,C-N,N-H.
  • 角度参数:C-C-N,H-N-H,O-C-N,C-O-C,C-N-H,C-C-O,H-C-O.
  • H键参数:O-H-N,N-H-O,N-H-N

如果要将新的Params文件使用参数化教程,复制并替换位于CMA-ES参数化包的文件夹Training_Data中的参数文件。