创建分子对象

可以在ADF包中运行Trough The Interactive Python解释器。要启动它,请运行:$ amsbin / amspython在终端中,然后是:

from scm import flexmd

请注意,也可能,通常更方便,在文件中编写代码,然后执行此文件。为此,请键入文件中的交互式解释器中使用的所有命令,然后在终端中输入$ amsbin / amspython myjob.py(更改为当时存储文件的目录)。

大多数作业将从导入和创建MDmolecule对象开始。这可以通过从XYZ或PDB格式的几何中开始,或通过手动在作业中添加原子。可以在ADF GUI中生成几何形状,然后将其导出到XYZ文件。有关MDMoleCule对象的更多详细信息,请运行$ amsbin / amspython,导入flexmd和呼叫帮助(FlexMD.mdmolecule)。

from scm import flexmd
myMol = flexmd.MDMolecule('myGeometryFile.xyz')

一些ForceJobs要求系统定期。如果我们从包含定期信息的PDB文件中创建MDmolecule对象,则会导入周期性边界条件。如果信息不存在,我们可以将其添加到MDmolecule对象:

myMol = flexmd.pdb.set_box([50.0,25.0,100.0])

可以使用帮助(FlexMD.pdbmoleColeCole)找到set_box(以及其他函数,例如set_cellvectors和write_pdb)的信息。

还可以将MDMoleCule对象中的信息写入PDB文件。为此,请在MyMol对象上调用pdb.write_pdb('mypdbfile.pdb'):

myMol.pdb.write_pdb('mypdbfile.pdb', box=True)