参数文件

使用标准时,通过一个或多个文件自动设置的强制性字段参数 类型 。改变它的一种方法是使用别人制作的参数化,更适合您兴趣的系统。

更高级的使用是调整现有文件,或者创建一个新的文件,可能会改善特定感兴趣系统的结果。对于这样的项目,Params工具可能会有所帮助。

在这里,我们区分UFF和琥珀色案件。

uff.参数

可以通过UFF使用的参数集通过 uff. key block. 除了标准的UFF Forcefield之外,我们向金属有机框架运送两个参数集:

uff.4MOF参数

我们向由M.A. addicoat等人创建的金属有机框架运送扩展参数集。 (2013)。选择UFF4MOF_GENERAL_DB,UFF4MOF_ELEMESS_DB和UFF4MOF_MMATOMTYPES_DB文件要使用这些参数,并检查系统是否检测到正确的原子类型或手动设置它们。请参阅 [7]有关参数的详细信息。

uff.4mofii参数

我们为由D.E创建的金属有机框架运送第二个扩展参数。 Coupry等。 (2016)。选择UFF4mofii_general_db,uff4mofii_elemens_db和uff4mofii_mmatomtypes_db文件以使用这些参数,并检查系统是否检测到系统的正确原子类型或手动设置它们。请参阅 [8]有关参数的详细信息。

用户修改的力字段(专家选项)

找到良好的UFF参数可能是一个具有挑战性的任务,并且应该非常仔细检查具有修改参数的任何结果。 SCM没有这种经验,为UFF提供的参数尚未由我们生成。随意测试新参数,如果您对专业情况有良好的工作,请随时让我们知道。

一般参数文件

General_db文件($ amshome / atomicdata / uff / general_db)包含用于计算力量和能量的所有参数。格式是:

MMatomType,RI,PHI,XI,DI,PSI,ZMM,VSP3,VSP2,CHI,NC。

列表中的项目是:

  • mmatomtype:名称,最多5个字符
  • RI:价键[Å]
  • PHI:价角度[度]
  • xi:非距离[Å]
  • DI:非键能[kcal / mol]
  • PSI:非否定规模[号码]
  • ZMM:有效充电[收费]
  • VSP3:SP3扭转屏障[kcal / mol]
  • VSP2:SP2扭转屏障[kcal / mol]
  • Chi:电信
  • NC:直接附加原子的数量,AKA协调号。计算可能的Dihedrals的数量是必需的,并且仅针对SP2和SP3中心(类型2,R和3)定义

目前的一组参数来自恶魔程序,是发布参数的组合和填充空隙的拟合数据。 Demonnano文档说明了关于参数的以下参数:

Implementation of the Universal Force Field (UFF) in deMonNano
--------------------------------------------------------------

As far as possible, UFF molecular mechanics forcefield in deMon
follows the published forcefield definition in [1]. In several
cases, the definitions and expressions in [1] are not consistent
with the published applications of the forcefield [1,5,6].
In those cases, an attempt was made to correct the errors and omissions,
using information from [2].

The following changed were made, compared to the published UFF
forcefield description (all equation and page numbers refer to [1]).

1. Sign error in Eq. 2 (equilibrium bond length) was corrected
   - electronegativity correction must be negative!

2. Equilibrium valence angle for O_3_z was corrected from 146.0
   degree to 145.45 degree.

3. Bending periodicity (Eq. 10) for linear coordination was
   corrected from 1 to 2.

4. Sign errors were corrected in eqs. 13 and and unnumbered equation
   for the beta parameter (between eqs. 13 and 14).

5. The reference value of the UFF amide force constant, of 105.5
   kcal/mol/rad**2 (p. 10028) is wrong. The results are consistent
   with the force constant of 211.0 kcal/mol/rad**2.

6. Equilibrium torsional angle for a bond between a group-6A atom
   (oxygen ...) and an sp2 atom (90 degree) is wrong (p. 10028).
   It should be 0 degree.

7. The conditional for the special-case sp2-sp3 torsion (p. 10029)
   is wrong, and should be inverted - see [4].

8. The overall shape of the UFF torsional potential degenerates to
   a Heavyside function when one of the bond angles becomes linear,
   leading to failures in geometry optimization and force constant
   evaluation. The UFF torsional term was augmented with a smooth
   masking function, to avoid this.

9. UFF inversion potential is not defined in [1] for group 5A
   elements (from phosphorus down). Taking the equilibrium inversion
   coordinate of 87 degree, and the suitable expressions for the
   cosine weights (see uff_get_inversion_shape in "uff_database.f90")
   appears to reproduce published UFF structures and energetics.

The following atom types have been fully tested, and are believed
to reproduce published UFF forcefield results exactly. The examples
refer to the $deMon/examples/test.mm directory.

  Atom type  Example     Description
  ---------  -------     -----------

    Al3      alme3tma    Trivalent aluminum
    As3+3    asf3        Trivalent arsenic
    B_2      bcl3        Planar (sp2) boron
    B_3      b2h5nme2    Tetrahedral (sp2) boron, including
                         charge transfer adducts and borohydrates
    Br       bbr3        Univalent bromine
    C_1      c2h2, co    Linear (sp) carbon
    C_2      acetone     Planar tricoordinated (sp2) carbon
    C_3      c2h6        Tetrahedral (sp3) carbon
    C_R      c4h6        Resonant, variable bond order (sp2) carbon.
    Cl       socl2       Univalent chlorine
    F_       sof2ncl     Univalent fluorine
    Ge3      geh3ogeh3   Tetrahedral (sp3) germanium
    H_       h2o         Normal, non-bridging hydrogen
    H_b      b2h5nme2    Bridging hydrogen, for use in boranes
                         (NOT SUITABLE FOR H-BONDS!)
    I_       bi3         Univalent iodine
    N_1      ch3cn       Monocoordinated (sp) nitrogen, triple bond
    N_2      ch3n2ch3    Dicoordinated (sp2) nitrogen, single-double bond
    N_3      ch3nh2      Amine (sp3) nitrogen, three single bonds
    N_3+4    b2h5nme2    Charged amine (sp3) nitrogen, four single bonds
                         (THIS IS NOT A STANDARD UFF TYPE!)
    N_R      c5h5n       Resonant planar (sp2) nitrogen, for use in
                         aromatics and amides. For amides, use 1.41 bond
                         order!
    O_1      co          Special "co" type, one triple bond.
    O_2      acetone     One-coordinated (sp2) oxygen, one double bond.
    O_3      h2o         Two-coordinated (sp3) oxygen, two single bonds
    O_3_z    sih3osih3   Special two-coordinated oxygen, for use in
                         Si-O bonds
    O_R      c4h4o       Resonant planar (sp2) oxygen, also for use in
                         nitro groups and such.
    P_3+3    ph3         Pyramidal (sp3) phosphorus, three single bonds
    P_3+5    p4o7        Tetrahedral hypervalent phosphorus
    P_3+q    bh3ph3      Dative tetrahedral (sp3) phosphorus, watch for
                         the bond order!
    S_3+2    ch3sch3     Bent two-coordinated sulfur (sp3), two single bonds
    S_3+4    socl2       Pyramidal three-coordinated hypervalent sulfur
    S_3+6    so2cl2      Tetrahedral four-coordinated hypervalent sulfur
    Se3+2    h2se        Bent two-coordinated (sp3) selenium
    Si3      si4o4h8     Tetrahedral silicon

Additionally, parameter sets for the following atom types are believed
be complete, and may be expected produce results identical to the published
UFF data: Li, Na, K_, Rb, Cs (Note that UFF does not specify atomic charges
- it is your responsibility to assign those, if charges are needed!)

For the remaining atom types, UFF definition [1] relies on an unpublished
set of electronegativities [2]. In deMon, these values were replaced by
Pauling electronegativities, scaled to fit published UFF electronegativities.
This can be expected to produce small deviations in bond lengths and bond
angles, compared to published UFF results.

如果您希望使用其他参数,则应复制常规_db文件,并重命名。此新文件也可以放在$ AMSHOME / ATOMICDATA / UFF之外。

元素文件

Elements_DB文件包含UFF已知的所有元素。请记住,这些不是Mmatomtypes,而是纯化学元素。该表包含每个元素:原子序数,符号,最小价值,最大值,最小键合订单,最大键合令。 Elements_DB中的数据主要用于清理UFF猜到的保柳键订单,可能不需要修改。

mm原子类型文件

MMatomTypeS_DB文件包含用于基于其价编号将MM原子类型分配给化学元素的匹配规则,以及邻居(粘合)原子的数量。 UFF的当前实现限制为每个元素的6 mm原子类型。表包含每个mm原子类型:它属于的元素的数量,这个元素的第i键类型,与此mm原子类型对应的价编号,邻居的数量这个mm原子类型有,这个mm的名称。这个mm的名称原子类型。命名约定跟随原始UFF纸[1]:

A five-character mnemonic label is used to describe the atom types. The first two characters correspond to the chemical symbol; an underscore appears in the second column if the symbol has one letter (e.g., N_ is nitrogen, Rh is rhodium). The third column describes the hybridization or geometry: 1 = linear, 2 = trigonal, R = resonant, 3 = tetrahedral, 4 = square planar, 5 = trigonal bipyramidal, 6 = octahedral. Thus N_3 is tetrahedral nitrogen, while Rh6 is octahedral rhodium. The forth and fifth columns are used as indicators of alternate parameters such as formal oxidation state: Rh6+3 indicates an octahedral rhodium formally in the +3 oxidation state, e.g., Rh(NH3)_6^3+. H_b indicates a bridging hydrogen as in B2Hs O_3_z is an oxygen suited for framework oxygens of a zeolite lattice. P_3_q is a tetrahedral four-coordinate phosphorus used to describe organo-metallic coordinated phosphines.

如果需要修改UFF的原子键入行为,则可以复制MMatomTypes_db并更改它。

琥珀色参数

如果您想使用非标Forcefield,您可以指定 力菲尔德File..

目前非UFF强制域支持两种格式。第一个是ADF / SCM相关的“.FF”格式。另一个是更广泛使用的琥珀色“.dat”格式。

琥珀力菲尔德文件

这里描述了琥珀色“.dat”文件的格式 http://ambermd.org/FileFormats.php#parm.dat. 目前不支持以下功能

  • 参数修改文件
  • 忽略了扭转有额外的信息约为1-4缩放,忽略了
  • 琥珀语术语8:用于H键的输入10-12潜在参数
  • 琥珀语术语9:用于非键合6-12潜在参数的等量原子符号的输入

SCM Forcefield文件

An example of this is $AFDHOME/atomicdata/ForceField/amber95.ff. 它具有灵活的格式,完全是自我记录的。 它不在ADF / SCM上下文之外使用。

该文件必须包含强制场参数和每种MM交互的MM电位。 虽然提供了预定义的力字段文件(琥珀色和sybyl), 这些力字段文件可以自定义。 例如,可以想要改变特定的力常数,或者可能需要引入新的原子类型, 例如过渡金属。 本节提供了强制字段文件的详细描述。

格式

强制场文件是用每个密钥块驱动的关键字,每个密钥块定义每个分子力学相互作用类型的参数,例如键类型,角度类型,扭转类型,...等。密钥块以关键字开头,例如“键”。

实际包含参数的线条夹在两个包含“========”的行之间。该节目未读取关键字和包含“========”之间的线路。这些行旨在为用户定义如下所示的列。根据需要,关键字和第一个'===='之间可以存在多行。

例子:

BONDS
Atoms  pot  K             ro    Notes
i - j  类型 (kcal/molA^2) (Ang)
================================
...
CA  CA 1    938.0         1.400 amber95
CT  CT 1    620.0         1.526 amber95
...
===============================

力场原子类型

力场原子类型是真实系统中每个原子给出的标签, 这确定了涉及该原子的所有交互参数。

强制字段标签类型有一些限制,用户可以指定:

  • 标签最多可以是四个字符长,没有空格。
  • 原子类型区分大小写。
  • 它们可以包含除“,”或'='和标签之外的字母,数字和其他字符。

与程序不兼容的原子类型示例:C.3,C 3,C = 3,C_SP3,*

正确的原子类型的示例:C_3,C3,CSP3和C *

野卡

通配符可以用星号,'*'指定。可以为角度,扭转和面外弯曲指定外卡。 有关限制的具体部分,请参阅具体部分。

警告:在使用外卡时,将通配符放在数据部分的开头,从最具通配符的参数开始,并结束那些拥有最不野卡的参数。

例子:

C_3
100.310 111.000 两张野卡
C_3 C_3 100.310 111.000 一个野卡
C_2 C_3 C_3 100.310 111.000 没有野卡

如果不遵循此订购,则通配符参数将过度乘以特定参数。

杂项笔记

  • 请勿删除“======”分隔线。
  • 单位位于kcal / mol,enigstroms,degrees,AMU中,除非另有规定
  • 部分可以任何顺序;即弯曲前弯曲。
  • 所有关键字都区分大小写,大多数都是全帽
  • 输入是所有免费格式
  • 空白线条将被忽略
  • 通过使用“#”符号开始行,可以将注释行添加到参数数据部分。

例子:

H H 1.0080
HC H 1.0080
   # example of comment line denoted with # mark.
H1 H 1.0080
H2 H 1.0080

一个(部分)示例文件

在这里,我们提供了一个示例强制字段文件以说明文件的格式。 仅包括有限数量的参数。 在下一节中提供了强制场文件的每个部分的详细描述。

FORCE_FIELD_SETTINGS
================================
ELSTAT_1-4_SCALE          1.0000
VDW_1-4_SCALE             1.0000
VDW_DEFAULT_POTENTIAL     1      (1:6-12 2:exp-6 3:exp purely repulsive)
DIELECTRIC_CONSTANT       1.000
================================

MASSES & ATOM LABELS
-----------------------------------
force_field atomic
atom_type   symbol mass    NOTES
==========================
C_3         C      12.0110 sp3 hybridized carbon
C_2         C      12.0110 sp2 hybridized carbon
C_1         C      12.0110 sp1 hybridized carbon
C_ar        C      12.0110 aromatic
N_3         N      14.0070
N_2         N      14.0070
O_3         O      15.9990
==========================

BONDS Ebond = 0.5*K(r-ro)**2
--------------------------------------
Atoms   pot
i - j   类型 K       R     NOTES
==========================
C_2 C_2 1    1340.00 1.335 WHITE_77
C_2 C_3 1     639.00 1.501 WHITE_75
C_3 C_3 1     633.60 1.540 *
C_3 N_2 1     760.20 1.440 *
==========================
BENDS Ebend = 0.5*k(a-ao)^2
------------------------------------
Atoms           pot
i - j - k       类型  K      theta  NOTES
===================================
*    C_2  *     1      78.79 120.00 WHITE_77
*    C_3  *     1      65.66 109.50 WHITE_77
*    C_ar *     1      78.79 120.00 *
C_ar C_2  N_2   1     131.31 120.00 *
C_3  C_3  C_ar  1      78.79 109.50 *
===================================

TORSIONS
--------------------------------------------
Atoms               pot
i - j - k - l       类型  k       per         NOTES
============================================
*    C_2  C_2  *    2     12.5000 -2.0
*    C_1  C_3  *    2      0.0000  1.0
C_2  C_2  C_3  *    2      0.1260 -3.0
C_3  C_2  C_3  *    2      0.1260  3.0
H    C_2  C_3  *    2      0.2740  3.0
*    C_ar C_ar C_ar 2      2.3500 -2.0
*    C_2  C_3  C_2  2      0.1260  3.0
*    C_2  C_3  C_3  2      0.1260  3.0
C_3  C_3  C_3  C_3  0      0.5000  3.0       no torsion potential
C_2  C_2  C_3  C_2  2      0.1260 -3.0
C_3  C_3  N_2  C_2  1      0.5000  4   180.0 This  the next 3 lines
&                          0.1500  3   180.0 are part of a multi-component
&                          0.5300  1     0.0 Fourier potential
C_3  C_3  C_2  N_2  1      0.1000  4     0.0
&                          0.0700  2     0.0 '&' is a continuation marker
============================================

OUT-OF-PLANE
-------------------------
Atoms           pot
i - j - k - l   类型  K   NOTES
=========================
*   *   C_2 *   2     480 TRIPOS_85
*   *   N_2 *   2     120 TRIPOS_85
H   H   N_2 C_3 2     120 TRIPOS_85
C_3 H   N_2 *   2     120 TRIPOS_85
=========================

VAN DER WAALS
atom(s)     Emin    Rmin    gamma NOTES
=================================
C_3         0.1070  3.4000  12.00
C_2         0.1070  3.4000  12.00
C_ca        0.1070  3.4000  12.00
C_ar        0.1070  3.4000  12.00
C_1         0.1070  3.4000  12.00
N_3         0.0950  3.1000  12.00
N_2         0.0950  3.1000  12.00
N_2 - N_2 2 0.0950  3.1000  12.00 purely repulsive potential for this pair
=================================

类型  charge(e)  NOTES
================
OW    -0.82      TIP3P water model
HW     0.41      TIP3P water model
================

部分按部分说明

FORCE_FIELD_SETTINGS

密钥块(必填)此密钥块规定了强制场文件的各种全局选项,主要涉及治疗非粘合潜力。

FORCE_FIELD_SETTINGS
================================
ELSTAT_1-4_SCALE           0.5
VDW_1-4_SCALE              0.5
VDW_DEFAULT_POTENTIAL      1     (1:6-12)
DIELECTRIC_CONSTANT        1.000
================================
ELSTAT_1-4_SCALE & VDW_1-4_SCALE
如果原子是限定扭转的端子原子,大多数力场将非粘合的相互作用量为0.5。该缩放因子被称为1-4缩放因子,也可以针对静电电位和van der WaaS电位不同,因此它们在输入中单独定义。
VDW_DEFAULT_POTENTIAL

仅实施Lennard Jones潜力(选项1)。原子A和B之间的Lennard Jones交互能量被定义为原子A和B之间的距离的函数 ((r ^ {ab})\)。这两个参数是 \(d_0 \)\(r_0 \).

\ [e_ {vdw}(r ^ {ab})= d_0 \ bigg [\ big(\ frac {r_0} {r ^ {ab} \ big)^ {12} - 2 \ big(\ frac {r_0} {r ^ {ab}} \ big)^ 6 \ bigg] \]
DIELECTRIC_CONSTANT
此选项被忽略。
BONDS

键块(必填)此密钥块指定每种MM键合交互的潜在类型和参数。下面给出一个例子。

BONDS
Atoms pot   K             ro    NOTES
i - j 类型  (kcal/molA^2) (Ang)
===============================
CA CA 1     938.0         1.400 amber95
CT CT 1     620.0         1.526 amber95
HC Zr 0       0.0               no potential found
===============================

前两列是原子类型(最多四个字符长),第三列是指定电位类型的整数。

_images / sbsd_table2.png.
BENDS

密钥块(必填)此密钥块指定每种MM键合角交互的潜在类型和参数。下面给出一个例子。

BENDS
Atoms     pot   k          ao     NOTES
i - j - k 类型  (kcal/mol) deg
=================================
*  CA *   1      70.00     120.00 example of wild card
*  CA CA  1     126.00     120.00
CA CA N2  1     140.00     120.10 amber95 N2-CA-CM
CA CA CT  1     140.00     120.00 amber95
=================================

前三列指定原子类型,第四列是指定潜在类型的整数。角度弯曲电位类型在下表中描述,其中需要附加的常量。

_images / sbsd_table3.png.

请注意,可以针对弯曲的终端位置或如上例中的弯曲的终端位置指定通配符。重要的是将参数从最少的特定(包含最多的通用卡)排序到最具体的参数。

TORSIONS

密钥块(必填)此密钥块指定每种MM键扭转交互的潜在类型和参数。对于粘合拉伸和弯曲电位,只有一个潜力迄今为止已经实施,因为琥珀色和Sybyl都使用简单的谐波电位。然而,琥珀色和Sybyl使用不同的功能形式来表示扭转电位,每个都具有自己的一组参数。本程序中使用的琥珀色和Sybyl扭转势将在下表中定义。

_images / sbsd_table4.png.

请注意,两个电位具有不同数量的参数。例如,当程序读取“潜在类型”1时,它将期望三个参数ki , ni , \(\ phi \)o,我 。进一步注意,琥珀色扭转潜力是傅立叶组件的总和(这是我指的是什么)。

下面是由琥珀色字段类型组成的扭转密钥块的示例。

TORSIONS
Atoms                   pot            per.  shift
i - j - k - l           类型  k        n     to       NOTES
===================================================
*     CV    NB    *     1     2.4000   2     180.0    JCC,7,(1986),230
*     CW    NA    *     1     1.5000   2     180.0    JCC,7,(1986),230
&                             0.1000   3       0.0
C     N     CT    C     1     0.2000   2     180.0
N     CT    C     N     1     0.4000   4     180.0
&                             1.3500   2     180.0
&                             0.7500   1     180.0
CT    CT    N     C     1     0.5000   4     180.0
===================================================

大多数琥珀色扭转电位不具体到所有四个原子I-J-k-L,而是仅在中央二,j-k上。通过上面所示,使用“*”符号指定通配符。同样,订购很重要。应从最小特定(包含最野卡的人)订购参数,以最具体。琥珀色扭转电位可以由多于一个傅里叶组件组成,用于单个扭转电位。使用“额外的傅立叶组件”&'继续符号如上面的例子。目前,允许最多6个傅里叶组件。请注意,无需以任何特定顺序指定各个组件。在上面的示例密钥块中,只定义了5个扭转电位,而不是8.两个电位由多于一个傅里叶组件组成,如“&'延续线。下面是Sybyl力场的扭转密钥块的示例。请注意,潜在类型都是'2'。参数较少,没有多组分电位。此外,一些潜在的潜力是用两个或仅一个外卡定义的。

TORSIONS
-------------------------------------------
Atoms                   pot
i - j - k - l           类型  k        per      NOTES
===============================================
*     C_ar  S_3   *     2     1.0000    3.0     *
*     S_3   S_3   *     2     0.0000    2.0     EXP
C_2   C_2   C_3   *     2     0.1260   -3.0     WHITE_77
C_3   C_2   C_3   *     2     0.1260    3.0     WHITE_77
H     C_2   C_3   *     2     0.2740    3.0     *
*     C_ar  C_ar  C_ar  2     2.3500   -2.0     *
*     C_2   C_3   C_2   2     0.1260    3.0     WHITE_77
*     C_2   C_3   C_3   2     0.1260    3.0     WHITE_77
*     C_2   C_3   H     2     0.2740    3.0     WHITE_77
*     C_3   C_3   H     2     0.3200    3.0     MC_88
O_2   C_2   C_3   C_3   2     0.7000   -3.0     JL_ES_
O_co  C_2   C_3   C_3   2     0.7000   -3.0     MAC_1
C_2   C_3   C_3   C_2   2     0.0400    3.0     WHITE_77
C_2   C_3   C_3   C_3   2     0.1260    3.0     WHITE_77
===============================================

一种也可以混合在同一力字段文件中的不同潜在类型,如下所示。在这个例子中,三个是三个潜力。前两个是Sybyl型电位,而最后一个是多分量琥珀色势。

H  C_2   C_3   *     2  0.2740   3.0
*  C_ar  C_ar  C_ar  2  2.3500   -2.0
N  CT    C     N     1  0.4000   4     180.0
&                       1.3500   2     180.0
&                       0.7500   1     180.0
OUT-OF_PLANE

键块(必填)此密钥块指定每个频率的潜在类型和参数,对于平面弯曲。这种潜力有时被称为反转电位或扭转不当(取决于力场)。目前支持的潜在类型提供在下表中。

_images / sbsd_table5.png.

下面给出了琥珀色型电位的密钥块的示例。重要的是要意识到原子k是 Atom K是中央原子。 (我们在这方面采用了一些奇怪的琥珀标准)。

OUT-OF-PLANE
--------------------------
Atoms                   pot
i - j - k - l           类型  K       to     NOTES
============================================
*     *     CA    H4    1      1.10   180.0  bsd.on C6H6 nmodes
*     *     CA    H5    1      1.10   180.0  bsd.on C6H6 nmodes
*     O2    C     O2    1     10.50   180.0  JCC,7,(1986),230
*     N2    CA    N2    1     10.50   180.0  JCC,7,(1986),230
*     CT    N     CT    1      1.00   180.0  JCC,7,(1986),230
CK    CB    N*    CT    1      1.00   180.0
============================================
VAN DER WAALS

密钥块(必填)此密钥块指定两个原子之间的每种MM van der Wa的相互作用的潜在类型和参数。示例密钥块如下所示:

atom(s) 类型  emin   rmin     alpha     NOTES
====================================
CA          -.0860   3.81600  12.00     amber95
HA          -.0150   2.91800  12.00     amber95
Ni - HA  2  -.0480   2.7      12.00     NOTE potential 类型
Ni - CA  D  -.0480   2.7      12.00     default potential
====================================

van der waals键块略有不同于先前的键块,因为通常不是每个ATOM对都有自己的参数定义。相反,参数在每个原子的基础上分配,然后使用特殊组合规则来构造每个Atom对组合的参数。因此,该类型在Force_Field_Settings密钥块中单独定义,尽管当前仅实现Lennard-Jones 6-12潜力,但目前仅实现Lennard-Jones 6-12潜力

对于每种类型的范德瓦尔斯交互,程序首先扫描对特定参数的密钥块。 下面的三条样本线指定了特定于配对的电位。两个原子类型必须通过连字符与连字符和原子类型之间的空格分开。在原子对的规范之后,定义了潜在类型。如果此处指定了d或d,则此方法可以使用默认电位类型。以下潜在类型是该潜在类型所需的参数(见上面的表)。

CA - CA  1  0.0860   3.81600  12.00 amber95
Ni - HA  0
Ni - CA  D  0.0480   2.7      12.00 default potential 类型

如果找不到对特定参数,则程序查找对应于该对中的每个原子类型的单个原子参数。然后使用以下组合规则从两个单独的原子参数的组合构成该对特定参数:

_images / sbsd_table7.png.

当未使用单个原子参数时,由于始终使用默认电位类型,因此不会指定潜在类型。下面给出一个例子。

CA 0.0860   3.81600  12.00 amber95
HA 0.0150   2.91800  12.00 amber95

定义对特定参数的能力对于具有比程序中使用的具有不同组合规则的那些力字段特别有用。例如,Jorgensen的Tip3P水力字段使用D的几何平均值 IJ. and RIJ. .

MASSES & ATOM LABELS

键块(必填)此密钥块指定每个MM原子类型的默认群体以及每个MM原子类型的元素标签。 发动机不使用群众。

示例密钥块如下所示:

MASSES & ATOM LABELS
=====================================
Ni             Ni             58.70
CM             C              12.011
CA             C              12.011
CT             C              12.011
HC             H               1.0079
HA             H               1.0079
=====================================

第一列是MM原子类型,第二是相应的原子元素,第三列是原子类型的质量。原子不必以任何特定的顺序指定。

CHARGES

密钥块(可选)此密钥块通过原子类型指定原子上的收费的参数。 NOTE: Charges can also be specified on a per atom basis in the System block of the AMS input file.

CHARGES
atoms       initial
label       charge
========================
OW          -0.8
HW           0.4
========================