生成一批作业和收集结果:基于NH3几何的基础设定效果

本教程将帮助您:

  • 使用不同方法预优化结构,包括MOPAC
  • 从现有的.adf文件开始,使用ADFJOBS中的“准备”工具创建一批类似的作业
  • 互动地使用ADFJOB提交一组作业
  • 在ADFJOB中使用报告工具,一次分析多个计算结果

第1步:创建和预先优化您的分子

开始adfinput.
创建一个N原子
按ESC,然后单击空白空间
旋转一下,我们想要一个额外的飞机。
按ESC,然后单击空白区域,以便选择任何内容。
以这种方式加入2个氢原子。

您现在应该在绘图区域中看到一个氮和三个氢原子。 我们故意没有在N和H原子之间添加债券!

首先,我们将尝试使用默认的Pre-Optimizer(UFF)来优化此结构:

点击‘Pre-optimize’ cog wheel button

使用默认的预优化算法将导致具有距离N-H距离的结构:

../_images/nh3_nobonds_uffprept.png.

接下来,我们将尝试使用MOPAC进行优化。

撤消以前的优化: 编辑→撤消
右键单击Cog-Wheel,选择MOPAC以预优化

留言‘MOPAC ready’将显示在Adfinput窗口中:

../_images/mopac_done.png.

马皮克 将产生良好的金字塔氨氨分子,N-H键长度为约1.0埃。

此外,它将创建适当的N-H共价键合!这些债券基于MOPAC计算的债券命令。

第2步:设置单个ADF计算

现在我们预先优化的NH3 分子,我们将建立一系列计算:使用不同的基础集进行ADF的NH3优化。第一步是设置一个简单的几何优化:

选择‘Main’ panel
选择几何优化 task
保存 as NH3

我们使用了基础集的所有默认值等。

第3步:设置一批ADF工作

接下来,我们将使用准备工具设置一系列计算。

选择ADFJOBS窗口
在Adfjobs窗口中,找到‘NH3’ job saved earlier
点击onto ‘NH3’ line to select it
使用 工具→准备... command
../_images/tools.png.

将弹出准备对话框窗口。

因为我们之前选择了NH3工作,所以NH3.ADF文件名(包括路径)将显示在‘Run’字段(否则,我们可以使用NH3使用‘+’ button of the ‘Run’场地)。这意味着我们将创建与NH3作业相同的作业,但有些细节已更改(此接下来将在“准备”对话框中指定)。

去吧‘使用这些输入选项’ and click ‘+’
选择‘基础集和冻结核心’ → ‘SZ’ → ‘Large’
在里面similar manner, add basis sets ‘DZ’, ‘DZP’, ‘TZP’ (optionally ‘TZ2P’ and ‘QZ4P’)
使用核心‘Large’所有基础集
../_images/adfprep.png.

选择的基础设置选项将显示在‘使用这些输入选项’场地。请注意,默认情况下,将在作业中创建作业‘autojobs’目录,如下所述‘Produce jobs’ section.

现在点击‘OK’在准备窗口中

准备对话框将关闭,adfjobs将打开‘autojobs’目录。使用NH3.adf,“准备”工具在内部创建了一组作业‘autojobs’ named as ‘NH3.SZ.Large.adf’, ‘NH3.DZ.Large.adf’等等命名的文件直观地遵循已使用的基础设置选项,并且新创建的文件的其余部分与NH3.ADF中的选择完全相同。原始的NH3.ADF文件尚未更改。

../_images/autojobs.png

第4步:运行您的一组ADF作业

现在我们将运行一批ADF作业,它在使用ADFJOB中的上一步骤3中自动编写,可以逐个运行这组作业,或者一次。

点击on the first job
转移 - 点击最后一份工作
跑步 the jobs 工作→运行

这将在默认队列中运行作业。通常这是顺序队列,并且工作实际上将一个接一个地运行。

作业将开始运行,并且可以在ADFJOB中跟踪它们的进度。每个氨优化工作不应超过几分钟。

第5步:一次分析几次计算的结果

完成所有氨优化作业时,我们可以比较结果。您将(应该)达到的主要结论是DZ(双Zeta)基础设置优化,作业名称‘NH3.DZ.Large’,导致不正确的平面氨分子。如前面的教程所涵盖,您可以选择使用多个GUI模块来观察:

  • adfmovie,它将显示几何优化
  • adfinput,它将打开(最后)融合几何
  • adf. View将打开融合几何体,并将在3D中显示各种密度图

例如,让我们使用ADFView来演示结果:

清除ADFJOBS中的选择(按ESC)
在ADFJOBS窗口中选择作业NH3.DZ.LARGE(然后应该突出显示)
选择 SCM→查看
选择 字段→网格→精细
选择 特性→ HOMO
在里面isosurface contour value field which appeared at the bottom,
更改默认值‘0.03’ to ‘0.3’
类型‘ctrl/cmd-minus’几次,直到中央N原子球
不与同性恋轨道强烈重叠。

为此重复为DZP计算

当使用DZ基础集时,您将观察到的是氨的HOMO没有预期的SP3杂交。在下图中,您可以看到DZ和DZP结果:

../_images/homos_nh3.png.

要自动可视化几个作业的结果,可以在ADFJOBS中使用报告工具:

去吧ADFjobs window
选择 工具→新报告模板......
../_images/newreporttemplate.png.

这将打开“报告”对话框。

在里面‘Report’字段,您可以选择报表文件的名称及其格式(‘HTML’ or ‘标签分隔纯文本’)。另一个领域(‘General’, ‘Images’, ‘Results’)包含各种相关选项,您可以选择准备报告。

在里面‘Report’/’Template name’ field, type ‘MyReport’
在里面‘Results’ section check ‘Dipole Moment’ and ‘Dipole Vector’
在里面‘额外的Adfreport命令行选项’ field: enter ‘angle#labels#2#1#3’
../_images/adfreport2.png.

使用的额外命令行选项指示Adfreport在原子2,1和3之间报告角度,并在输出时包括此角度的原子标签。以类似的方式可以请求更多的角度,或距离或许多其他属性。有关所有选项的说明,请检查Adfreport文档。

点击‘OK’

报表对话框将关闭,保存我们的模板名为‘MyReport’。现在我们将在保存的模板后生成实际报告:

在Adfjobs窗口中,从NH3集中选择所有已完成的作业
选择 工具→构建MyReport报告
../_images/BuildMyreport.png

‘Save As’对话框窗口将弹出,显示‘report.html’ default filename.

选择您的文件名和位置,然后单击‘Save’

现在,ADF将通过所有所选工作,并准备报告。最后,浏览器将开始显示您的报表文件(默认情况下,命名‘report.html’):

../_images/Reporthtml.png

报告工具创建了结果的表格类似的报告。

我们可以清楚地看到,只有DZ基础优化我们的NH3 分子是平面的(检查报告表的最后一行)。偶极数据也显示在报告中。显然,偶极矩仅为平面为零3 structure.

恭喜,我们完成了氨优化教程!

如果要立即退出所有GUI模块:选择 SCM→退出所有