Flexmd.功能摘要一种¶

分子

输入输出

  • 读写PDB和XYZ文件
  • 读取和写入拓扑数据(以charmm格式)
  • 读取和写入强制字段数据(在Charmm格式上)

分析

  • 提取几何数据

绘图功能

  • 添加原子和债券
  • 改变键长,角度和扭转
  • 削减碎片
  • 切割溶剂盒和液滴
  • 执行旋转和翻译,以适合轴和平面的粘合

定期功能

  • 添加定期图像
  • 将分子包裹成周期性盒子

水具体

  • 找到氢键
  • 找到连接H捐赠者和受体的最短水桥

能量和力量计算

标准

  • adf.
  • DFTB.
  • 雷克夫
  • uff.
  • 马皮克
  • namd.
  • Lennard-Jones力领域

多尺度

  • QM / mm,机械嵌入:结合上面的所有代码
  • 混合动力车:比QM / mm更灵活。通过求和或减去能量和力来结合不同的力计算。因此,标准计算(上述)可以与:
    • Metadynamics.
    • plumed(计算自由能量数据的外部代码)
    • 约束
  • 自适应qm / mm(在解决方案中的化学)
    • 基于差异的自适应溶剂(DAS)
    • 排序自适应分区(SAP)
    • 缓冲核心(BC)
    • 柔性内部区域合奏分离器(火灾)

分子动力学

  • 使用ASE作为上述所有方法的分子动力学驱动器
  • 分析轨迹