例子

介绍

adf.包包含一系列示例运行。它们由UNIX脚本(运行计算)和生成的输出文件组成。

这些例子是:

  • 展示如何进行计算。 ADF中可用的选项数量很大,样本运行不涵盖所有这些。然而,他们应该是充分的,以获得如何探索可能性的感觉。
  • 要解决不适合用户的特殊应用程序’s Guide.

笔记: 大多数所提供的样本已经设计为短而简单,以牺牲物理或化学相关性和精度或普通质量的结果。它们主要用于说明输入,必要的文件和结果类型。描述已经保持简短。关于在输入中使用关键字的广泛信息及其含义在用户中给出’s Manual.

如果对操作系统(OS)和计算机上的文件系统进行了引用,则使用UNIX类型OS的术语。

All sample files are stored in subdirectories under $ADFHOME/examples/, where $ADFHOME is the main directory of the ADF package. There are many subdirectories in $ADFHOME/examples/: the examples presented in this section are located in $ADFHOME/examples/adf/. Each sample run has its own directory. For instance, $ADFHOME/examples/adf/HCN/ contains an ADF calculation on the HCN molecule.

每个示例子目录包含:

  • 文件testname.run:unix脚本执行计算。样本可能涉及若干计算,例如一些创建运行(具有ADF),然后是分子计算(也是ADF),最后是NMR计算(用NMR程序)来计算化学班次。
  • file testname_orig.out.gz:生成的输出可以比较您自己计算结果的结果。注意:文件是压缩的 GZIP..
  • 具有.adf扩展名的零个或多个文件。如果存在,则这些文件适用于ADFInput并演示与上面的两个文件相同的功能。但是,在.adf和testName.RUN文件之间也存在差异,因此使用.adf文件获得的结果 不能直接比较 使用testname_orig.out。此外,TestName.Run文件通常包含多个计算,需要多个。那’■为什么在某些目录中,您可能会发现不止一个.adf文件。

技术说明:

  • 在Windows上运行示例:您可以通过双击相应的.RUN文件来运行示例计算。计算完成后,您可以将TestName.out文件与参考TestName_orig.out文件进行比较。有关比较下面的输出文件的备注。
  • UNIX脚本使用了 R M (删除)命令。一些UNIX用户可能会别名 R M 命令。因此,它们应该在示例脚本中调整这些命令,以确保脚本将删除文件。新用户可能最初被粘在一起,因为在早期尝试运行其中一个示例之后挥之不去的文件。在随后的运行中,当程序尝试再次打开类似(临时或结果)文件时,如果这样的文件已经存在,则可能发生错误。始终确保在运行目录中留下任何文件,但除了具体所需的目录之外。
  • 在一个单独的目录中运行每个示例是一个不包含其他重要文件的一个好主意。
  • The run-scripts use the environment variables adf.BIN and adf.RESOURCES. They stand respectively for the directory that contains the program executables and the main directory of the basis set files. To use the scripts as they are you must have defined the variables adf.BIN and adf.RESOURCES in your environment. If a parallel (PVM or MPI) version has been installed, it is preferable to have also the environment variable NSCM. This defines the default number of parallel processes that the program will try to use. Consult the Installation Manual for details.
  • 如您所示,示例运行脚本按名称引用程序‘adf’, ‘nmr’, and so on. When you inspect your $ADFBIN directory, however, you may find that the program executables have names ‘adf.exe’, ‘nmr.exe’. There are also files in $ADFBIN with names ‘adf’, ‘nmr’,但事实上,这些脚本是为了执行二进制文件。我们强烈建议您在计算中使用这些脚本,特别是在运行并行作业时:脚本处理您在每次计算中必须自己做的一些方面。
  • 您需要一个许可证文件来成功运行任何计算。如果您与许可证文件有疑问,请参阅安装手册。如果那就没有’t help contact us at 支持@SCM..com

使用样本输出将自己的结果与样本输出进行比较时,您应特别地(据适用)进行检查:

  • 单电子轨道的职业数量和能量;
  • 优化的几何形状;
  • 振动频率;
  • 粘合能量和其分解的各种术语;
  • 偶极矩;
  • logfile。在计算结束时,日志文件将自动附加(通过程序本身)到标准输出。

关于比较的一般言论:

  • 出于技术原因,其讨论超出了本文档的范围,在不同机器上获得的结果(或具有不同数量的并行过程)之间的差异可能比您所期望的要大得多。它们可能会显着超过机器精度。您应该检查的是它们在内部落下(至少一个数量级) 数学集成 计算中使用的精度。
  • 出于类似的原因,即使提供相同的输入,程序使用的分子的取向也可以在不同的机器上不同。在这种情况下,不同的取向应该是相关的,并且只有一些微不足道的方式不同,例如通过围绕z轴围绕z轴的所有坐标的简单旋转90度。如有疑问,请联系ADF代表。

模型哈密顿人

QM / mm计算

QUILD:由本地描述互连的量子区域

光谱性质

列表示例