入门:乙醇的几何优化

本教程将帮助您:

  • 创建一个简单的分子
  • 从各个方面查看分子并保存图片
  • 用不同的工具制作几个改变分子
  • 设置您的ADF计算
  • 执行实际的ADF计算
  • 可视化一些结果:能级,几何,电子密度,轨道,......

第1步:准备

开始adfjobs.

在类似UNIX的系统上,输入以下命令:

光盘
adfjobs. &

在Windows上,可以通过双击桌面上的ADF-GUI图标来启动ADFJOB:

双击桌面上的ADF-GUI图标

在Macintosh上,使用ADF2019.xxx程序启动ADFJOBS:

双击adf2019.xxx图标
../_images/t1-1--startadfjobs.png.

请注意,adfjobs取决于您如何启动ADFJOBS的目录,因此您的屏幕可能看起来不同。

为教程制作目录

我们宁愿在新的,干净的目录中运行教程。这样我们不会干扰其他项目。 ADFJOBS不仅管理您的工作,还具有一些文件管理选项。在这种情况下,我们使用adfjobs制作新目录:

选择 文件→新目录 命令(文件菜单中的新目录命令)
通过键入“教程”并返回来重命名新目录
../_images/t1-1-newdir.png.
通过单击它前面的文件夹图标上的一次将一次更改为该目录
../_images/t1-1-emptydir.png

开始adfinput.

现在我们将使用SCM菜单启动此目录中的ADFInput:

选择 SCM→新输入 menu command

笔记

SCM菜单显示为  Scmmenu. 在所有非Windows系统上。

adf. Input模块应该启动:

../_images/t1-1--startup.png

adf. Input窗口由以下主要部分组成:

  • 使用菜单命令的菜单栏(SCM,文件,编辑,...,在Mac上的MAC上的菜单栏位于屏幕顶部)
  • 分子编辑器的绘图区域(左侧的黑暗区域)
  • 状态字段(暗区的下半部分,当ADFInput为空时,如上所示)
  • 分子编辑器工具
  • 许多具有多种选项的面板(目前“ADF主”面板是可见的)
  • 面板栏与菜单命令激活选择面板
  • 搜索工具  搜索

撤消

adfinput有一个undo命令,它在分子上工作(因此不在输入选项上)。

../_images/t1-1-editmenu-undo.png.

如果在对您的分子进行更改时犯了错误,只需使用 编辑→撤消 菜单命令及时返回。您可以撤消多个步骤或重做步骤(与 编辑→重做 )如果你愿意这样做。

第2步:创建分子

创建分子

我们将要创造的分子是乙醇。

首先,我们将绘制两个碳原子,下一步氧原子,之后我们将一次加入所有氢原子。最后,我们将在ADFInput中预先优化几何体。

创造第一个碳原子

要创建Atom,您需要选择Atom工具。

单击“C”按钮选择C-Tool

后光被添加到“C”按钮中,以指示您使用的是C工具。此外,左下角的“状态”字段显示为“C”工具,创建单键“以指示您使用的是C工具。

现在创建第一个碳原子:

点击绘图区域的某处
../_images/t1-2-onecarbon.png

已经创建了一个碳原子。

注意:

  • 如果移动鼠标,您将看到从该碳原子到当前鼠标指针位置的白线:这表明您处于“绑定”模式,并且绑定将刚刚创建的Atom。
  • “C”按钮具有不同的颜色,表示您仍在使用C工具。
  • 选择碳原子(绿色发光),表明碳原子是当前选择。
  • 状态字段包含有关当前选择的信息:它是一个碳,数字1,带有4'连接器'
  • 状态字段还显示当前工具(C),并且将进行单个键。

创造第二个碳原子

单击绘图区域中的某个位置以创建第二个碳原子
../_images/t1-2-twocarbons.png

已经产生了第二个碳原子,粘合到第一原子。

将沿着“键合线”在对应于普通C-C单键距离的距离处创建原子。也就是说,键合长度在绘图时受到约束。

新创建的原子成为新选择,您仍处于绑定模式。下一个键将创建刚刚创建的碳原子。而且您仍然使用C工具。

创造氧气原子

要创建氧气原子,您需要切换到O-Tool:

通过单击“O”按钮选择O-Tool

通过O-工具,产生与第二碳的氧原子;

点击绘图区域的某处
../_images/t1-2-ethanolnoh.png

已经添加了氧原子。

目前,我们使用原子工具完成,因此返回“选择”工具:

单击使用箭头的按钮选择“选择”工具(或按ESC键)

加入氢

现在需要添加许多氢原子。您可以使用H-Tool执行此操作,但是更简单的方法是使用 原子→加氢 menu command:

../_images/t1-2-atomsmenu-addh.png.

当存在时,“添加氢'菜单命令仅适用于选择。因此,仅将一个氢原子添加到氧原子中。这不是你想要的。首先,我们确保通过单击空白空间来选择任何内容。

单击空(绘图)空间

现在没有选择任何原子。

选择 原子→加氢 command

许多菜单命令都有快捷方式。在这种情况下,您还可以使用快捷方式(Ctrl-E或CMD-E,具体取决于您的平台)作为替代方案。在菜单命令中指示快捷方式。

../_images/t1-2-ethanol-raw.png

所有原子将饱和氢原子。并且你已经创造了一种乙醇分子,尽管几何形状仍然远非完美。

预先优化几何形状

现在使用Adfinput附带的优化器来预先优化几何体。

单击“预优化器”按钮 preoptimtool.
../_images/t1-2-ethanol.png

默认情况下,将使用UFF预先优化分子的几何形状。

小费

您可以通过首选项选择另一个预优化程序,或者通过右键单击COG轮并选择要从弹出菜单使用的方法使用不同的预优化程序。

在绘图区域下面的状态字段中,您可以遵循相对启动配置的预优化迭代号和能量。

观看分子

旋转,翻译或放大

您可以使用鼠标旋转,翻译和缩放分子。

您需要使用鼠标拖动:按鼠标按钮,同时将其置于按住它。哪个鼠标按钮以及您在同一按下的修改器键,确定会发生什么:

旋转 剩下
旋转在线 Ctrl-left.
翻译 正确的
飞涨 鼠标滚轮,或(不在窗口上)Alt-left(拖动或向下拖动)

旋转,翻译和缩放操作更改您的观察分子,它们不会改变坐标。

此行为是默认行为,您可以更改鼠标右键使用的首选项。

在空白空间中的某个位置单击一次,以确保没有选择

单击鼠标左键,然后拖动:
你的分子将旋转

使用Ctrl-key单击鼠标左键,然后拖动:
您的分子将在平面内旋转

单击鼠标右键,然后拖动:
您的分子将被翻译

单击右中间按钮(如果可用),然后向上和向下拖动:
您将放大靠近或远离分子

(不在Windows上)单击使用Alt-key的鼠标左键,然后拖动:
(不在Windows上)您将放大到或远离您的分子

如果你有一个:
您将放大靠近或远离分子

使用所有这些选项,尝试将乙醇定位在以下图像中:
../_images/t1-2-ethanol-top.png

保存图片

您可以使用“文件”菜单中的“保存图片...”命令保存分子的图片。

../_images/t1-2-savepicture.png

使用的格式是PNG格式。您可以使用此使用此方法 文件→图片格式 菜单命令。您还可以更改分辨率。较小的分辨率将导致较小的文件,但会降低质量。

通过首选项命令可以保存您的首选格式。

选择 文件→保存图片... command
输入照片的名称:乙醇
单击“保存”按钮

图片将保存到包含分子图像的磁盘。只有绘图区域保存在图片中,而不是所有输入选项。

小费

使用的格式是PNG格式。 您可以更改分辨率。较小的分辨率将导致较小的文件,但会降低质量。

通过首选项命令可以保存您的首选格式(PNG,JPEG,TIFF,BMP或PostScript)

分子构象

旋转,使您沿着C-C轴看

将分子旋转到以下位置:
../_images/t1-2-ethanol-top.png

选择顶部CH3组

在顶部碳原子上单击一次
使用 选择→选择已连接 menu command
../_images/t1-2-top-selected.png

当您注意到,直接连接到所选原子的所有原子都会添加到选择中。或者,您还可以通过班次单击要选择的元素来进行选择。

点击空白空间
点击顶部碳原子
在每个顶部氢原子上换档一次(不移动)

这几乎具有相同的效果(在这种情况下,您尚未选择第二个碳原子)。

旋转选择

我们现在正在尝试制作黯然失色的几何形状。

Ctrl键单击鼠标左键 在其中一个选定的氢,并拖动到平面内旋转选择
将氢原子旋转在几乎黯淡的位置
../_images/t1-2-top-eclipsed.png.

您可以通过单击所选对象来移动选择,然后用鼠标拖动。所有常规操作都是可能的:旋转,旋转面内,翻译和缩放。缩放在这种情况下意味着将选择垂直于屏幕移动。

在“状态”字段中,您可以看到当前旋转角度。

您必须在选定的项目中单击并开始拖动。如果单击并拖动空间,则会移动整个分子。

回到交错的几何形状

单击空格以清除选择
单击预优化按钮 preoptimtool.

优化器将使结构带回原始交错的几何形状。如果它不完整,请重复此步骤直到它。

获取和设置几何参数

债券长度

首先选择氧原子和连接的氢原子。

这次我们通过围绕我们想要选择的所有对象拖动矩形来进行选择。

将鼠标左键与换档键一起使用,在氧气和氢原子周围拖动矩形
../_images/t1-2-top-rectoh.png
释放鼠标按钮(和换档键)

选择氧原子和氢原子。

../_images/t1-2-top-ohsel.png.

在状态区域中,您可以看到所选原子之间的距离,键合的信息和滑块。

通过使用滑块编辑它或(最方便地),您可以将距离设置为您希望的任何值。

使用滑块移动H原子

小费

您选择了原子的顺序以数字显示。 默认情况下,选择的最后一个原子将在原子组中移动。

请按 使用滑块时控制键 ,而且 最小的原子 will move.

键角

点击它选择第一个顶部肝剂
接下来,通过单击顶部碳原子来扩展选择(移位键)
最后,通过单击另一个顶部氢原子来扩展选择(移位键)
../_images/t1-2-top-hch-sel.png

在给出关于所选三个原子的键角的状态区域信息中,并且滑块再次可见。您可以将此值更改为您喜欢的值,最方便使用滑块。

二对角的角度

通过选择四个原子,我们获取有关二面角的信息。当然,您也可以更换它,最方便地使用滑块。

移动分子,以便您可以看到所有原子
点击它选择第一个顶部肝剂
接下来,通过单击顶部碳原子来扩展选择(移位键)
接下来,通过单击下一个碳原子来扩展选择(移位键)
最后,通过单击氧气来延长选择(移位键)
../_images/t1-2-top-occh-sel.png.

坐标

要查看我们必须转到其他输入面板的坐标。可以使用输入面板顶部的面板栏,窗口的右半部分选择输入面板。

在ADFInput窗口的右侧:
点击一下 模型 tab in the panel bar
选择 坐标 command
../_images/t1-2-coords.png

您可以获得所有笛卡尔坐标的列表。当您对分子进行更改时,它们将在实时更新,并且您也可以自己编辑值。在这种情况下,分子的图片将自动更新。

请注意,有些原子突出显示。这些是当前选择的原子。

移动原子按钮(箭头)将向上或向下移动所选原子。通过这种方式,您可以重新订购原子。

扩展和改变您的分子

在进行一些更改之前,让我们重新优化。我们首先选择“主”面板,因此在预优化期间坐标不会看到坐标。否则这可能会减慢预优化。

单击“Main”选项卡
单击预优化按钮 preoptimtool.

让我们尝试将CH2OH组更改为COOH集团。

因此,我们需要:

  • 去除一个氢气
  • 将一个氢改变为氧气
  • 将单一键变为双键

在此之后,我们将回复乙醇分子。

删除原子

第一:删除一个氢气

单击空格以清除选择
单击“氢气”以删除,将被选中
../_images/t1-2-ch3ch2oh-hsel.png.
按BackSpace键
../_images/t1-2-ch3choh.png

取下所选原子。

改变原子的类型

接下来,我们将氢气改变为氧原子

小费

您可以使用C,O,H,N,S,P或F键快速选择工具。

或使用X,键入一个或两个字母,并返回任何元素。

选择O-Tool(或按“O”键)
双击氢气应该变成氧气
../_images/t1-2-ch3co-oh.png

改变现有债券的债券类型

现在氧原子单独粘合到碳上,我们需要将其改变成双键。

点击碳和新氧气之间的粘合
使用 债券→债券订单→双重 菜单命令(或只按'2'键)
../_images/t1-2-single-to-double.png

单键已变为双键。

修改绑定类型的另一种方法是点击将选择该键的键。然后单击菜单栏中的绑定工具('Ball和Stick'徽标到右侧),然后选择合适的键合类型。

小费

使用键盘快捷键:选择键,按1个单键,2表示双键,3个用于三键,4表示芳香键。

要获得合理的几何优化结构:

单击空格以取消选择键
单击预优化按钮 preoptimtool.
如果没有融合,请再次按Pre-Optimize
../_images/t1-2-ch3cooh.png.

添加新(粘合)原子

现在,要恢复乙醇分子,我们首先去除新的双键合氧原子,然后加一个氢原子。

在双键合的氧气原子上单击一次以选择它
按BackSpace键删除它

选择H-Tool(或按'H'键)
在连接到氧气的碳原子上单击一次
../_images/t1-2-ch3coh.png.

请注意,这种方式您再次启动绑定模式,如绑定到鼠标位置所示。

在空白区域中单击一次以使氢原子(连接到碳!)
点击一次 在刚刚创造的 atom to stop bonding

重复它以向碳原子添加第二氢

预先优化分子
../_images/t1-2-ethanol.png

你再次创造了一种乙醇分子。

小费

预优化器将仅优化所选原子的位置,如果有的话。

警告

如果您希望在系统中预先优化所有原子,请确保没有选择任何原子。

第3步:选择计算选项

任务

adf. 有许多不同的操作模式。

因此,优化乙醇分子的几何形状,我们选择几何优化任务:

选择 几何优化 from the ‘Task’ menu
../_images/t1-3-geopt.png.

选择任务后,ADF-GUI加载预设,调整此特定任务所需的输入字段。 您可以轻松查看预设更新的字段:它们是彩色的绿色。

检查 吉伊 预设 有关预设的更多信息的文档。

XC功能

一个重要的输入选项是使用的XC功能。

对于本教程,SCF期间的默认功能就足够了。所以只需将此留在默认值“。

小费

您真的应该选择一个良好的XC功能(和基础集)来获得准确的结果。

基础集

使用“基础设置”下拉菜单您选择要使用的基础集。

菜单可以访问定期使用的基集。

对于本教程,我们将选择一个非常小的基础集。这将产生不太准确的结果,但计算更快地运行。显然,如果您想要更准确的结果,您应该使用更好的质量基础。因此:

从“基础集”下拉菜单中选择“SZ”
../_images/t1-3-basisset.png

小费

输入字段的颜色:由预设(绿色),用户(黄色)更改(红色)(红色)

数值质量

adf. 程序使用数字集成方案,几乎可以计算它的一切。数值积分方案生成某种网格(和相应的权重)。 ADF(和BAND)中的默认集成方法是所谓的BECKE网格。

另一种技术细节是使用密度配合方法,用于计算效率。花键ZLM适合是默认的拟合方法(旧的Slater类型仍适用)。

使用数字质量选项,您可以同时选择BECKE集成和样条ZLM的质量。

增加质量使结果更准确,但需要大量的计算时间。

同样,降低质量会导致效果不太准确,但您可能会更快地获得结果。

在大多数情况下,默认值将很好,肯定是本教程。如果您转到“详细信息”部分(单击...),则可以设置集成方案的详细信息和拟合方法。但是,主面板中的数值质量选项是选择质量的最方便。

几何融合

点击一下  更多 任务旁边的按钮
../_images/t1-3-geometryConvergence.png

在此面板中,您可以看到几何优化的详细信息,如最大迭代次数和收敛阈值。

小费

点击一个单位来更改本机,您的选择将被铭记。

使用GUI首选项将所有单位重置为默认值。

随着当前设置很好,返回主面板:

单击面板栏中的“主”按钮

其他输入选项

右侧的面板包含更多的输入选项。您可以在面板栏中使用菜单中的面板,或通过搜索特定选项(正如我们要查找Z矩阵面板)。在搜索选项时,面板中的任何文本都会匹配,以及来自帮助气球。此外,相应的ADF输入键将匹配。

../_images/t1-3-panelmenu.png.

菜单项使用颜色编码来显示哪些面板受到预设(绿色),用户(黄色)或(红色)影响的面板。

由于我们现在不会做任何特别的事情,您无需在其他面板中更改任何内容。

第4步:运行您的计算

保存输入并创建作业脚本

最后,您将想要保存输入。

选择 文件→保存 command
确保选择我们所做的教程目录
在文件名字段中输入名称“ethanol”
../_images/t1-4-save.png.
点击保存

现在您已保存当前的选项和分子信息。该文件将自动获取分机'.adf'。

adf. Input还创建了一个相应的脚本文件。此脚本文件具有相同的名称,但具有分机'.run'而不是'.adf'。

在ADFJOBS模块中,您可以看到已创建的文件:

在ADFJOBS窗口中单击一次以激活它
在作业名称的三角形上单击一次(乙醇)

您将看到.adf和.run文件,以及adfjobs用于存储信息的.pid文件。如果您使用名称'ethol',您可能还会看到您保存的图片。只列出了扩展,因此真正的文件名是ethanol.adf,ethanol.run和ethanol.pid。请注意ADFJOBS用于指示新作业的作业状态图标(右侧的开放圆圈)。

../_images/t1-4-ethanolfiles.png

运行你的计算

实际执行计算(乙醇分子的几何优化),使用 工作→运行 ADFJOBS中的菜单命令:

确保在Adfjobs中选择了ethanol作业(如果您遵循了教程,则
选择 工作→运行 command

这将执行刚刚创建的运行脚本。如果您从未在ADFJOBS设置中更改,则默认行为是使用顺序队列在本地计算机上的后台运行作业。此队列将确保如果您尝试运行更多的作用,同时运行,它们将陆续运行。

一旦您的工作开始运行,Adfjobs将显示计算的进度:LogFile的最后几行:

../_images/t1-4-statusRunning.png.

请注意,在运行时,ADFJOBS中的作业状态符号更改。

如果您希望在运行计算时看到完整的日志文件,只需单击Adfjobs窗口中显示的日志文件行:

单击ADFJOBS窗口中的日志文件行

现在日志文件在Adftail窗口中显示:

../_images/t1-4-adftail.png

第5步:计算结果

logfile:adftail.

日志文件按ADF保存并扩展它。通常,仅在Adfjobs窗口中查看它是最方便的,以防止屏幕混乱。

现在它已经在adftail窗口中显示,在adfjobs窗口中,但您可以使用任何文本编辑器。

等待计算完成:

等到adftail显示'工作......已经完成'作为最后一行
在弹出的对话框中,单击“是”以更新几何图形
../_images/t1-5-updcoords.png

现在通过使用来关闭adftail 文件→关闭 menu command:

在显示日志文件(Adftail窗口)的窗口中:
选择 文件→关闭 command

在ADFJOBS窗口中,注意作业状态图标已更改为指示作业已准备就绪:

../_images/t1-5-statusready.png

文件

adf. 创建了几个数据文件和几个文本文件。您可以在AdfJobs窗口中查看此内容:

单击adfjobs窗口
../_images/t1-5-statusready.png

请注意,本地文件是可见的,因为您已经在三角形打开了此作业的细节上,您已经单击了本教程中的早期。

.adf文件是ADFInput保存的输入。

.RUN文件是运行脚本,也由ADFInput保存。

小费

要更改.RUN文件(如果您确实必须......),请在ADFInput中使用“运行脚本”面板(详细信息部分)。您的更改将保存在.adf文件中。 如果您对.RUN文件本身进行了更改,则在使用ADFInput中将作业保存时,将被覆盖。

.pid文件是包含作业状态和配置的文件。它由Adfjobs使用。

其他文件由ADF生成。 .ERR文件包含错误消息,.logfile显示了计算的进度,.out文件是main(文本)输出文件,另一个文件是存储计算结果的二进制文件。

几何变化:adfmovie

adf. 已优化几何体,我们可以使用ADFMovie模块可视化优化的进度。因此,让我们在ADFInput窗口中使用SCM菜单启动ADFMovie:

../_images/scm-menu.png
选择 SCM→电影 命令 in ADFinput
按播放按钮(右侧指向箭头)

小费

按空格栏开始/停止在adfm​​ovie播放

adf. Movie模块将显示一部几何优化的电影。

../_images/t1-5-adfmoviegraph.png.

小费

使用滑块快速移动框架。

使用左右箭头键通过帧进行单步。

您控制使用按钮。当您的鼠标指针高于任何按钮时,不会移动,将弹出一个气球,显示特定按钮将要做的。

右侧的图表显示了几何步骤的功能。

您可以同时显示不同属性的多个图形:

使用 图表→添加图 menu command
通过换档点击它们选择两个碳原子
使用 图→距离,角度,二相 menu command
../_images/t1-5-adfmoviegraph2.png.

现在你有两个图表。其中一个是'Active'图。当您创建新图形时,它将始终是活动图形。您还可以通过单击它来实现一个图形。

从图形菜单中选择属性(Energy,距离等),该属性将绘制在活动图中。

如果可能,您还可以在一个图表中具有多条曲线:每个y轴一个属性。如果它们使用相同的单元(例如,所有埃及利亚),则可以在同一y轴上有几个曲线:

通过拼接点击它们选择两个碳原子和一个氧气原子
使用 图→距离,角度,二相 menu command
../_images/t1-5-adfmoviegraph3.png.

另一个功能是您可以单击其中一个图中的一个点。它将被标记,电影将跳转到那个特定的步骤,如果您有更多然后一个图,则相应的点也将在另一个图表中标记。

要旋转,翻译或缩放图片,请使用鼠标,就像在ADFInput中一样。

使用滑块在优化中间转到帧

选择原子提供有关分子编辑器窗格下方信息字段中的原子,键盘等信息。 当您转到电影中的另一个点(不同的几何图形)时,将更新信息。您可以在上面的图片中看到这些示例。

您还可以在3D窗口中显示此信息:

使用 查看→几何信息→角度 menu command
../_images/t1-5-adfmovie-angle-3d-menu.png

角度将在视觉上添加到您的分子中:

../_images/t1-5-adfmovie-angle-3d.png
在Adfmovie窗口中:选择 文件→关闭

轨道能量水平:adflevels

通过单击“作业名称”,在“adfjobs”窗口中选择您的作业
选择 SCM→水平 command

小费

在Adfjobs中,右键单击作业名称以快速选择它 show the SCM menu

Adflevels将开始并显示乙醇分子的能量水平的图。

../_images/t1-5-adflevels-inter.png.

在该图中,您可以从分子水平组成的片段类型中看到。

移动鼠标,超越不同的级别,无点击

气球将弹出有关鼠标位置的级别的信息:Mo号,特征值,职业以及它由SFO(片段轨道)组成。

点击并按住分子的同性恋水平
../_images/t1-5-adflevels-popup.png.
在出现的弹出窗口中,选择“显示标签”
单击并按住O片段类型的同性录
在弹出窗口中,选择“显示标签”
../_images/t1-5-adflevels-labels.png.

轨道标记可能与依赖于分子的对称性不同。

要实际查看轨道,请从弹出菜单的顶部选择轨道:

点击并按住乙醇的同性恋水平
选择'3AAA'命令(或根据对称性相似)

应该出现一个带有轨道图片的窗口。

../_images/t1-5-adflevels-orbital.png

您可以使用鼠标移动(旋转,翻译和缩放)轨道。

关闭显示轨道的窗口: 文件→关闭 (在显示轨道的窗口中)

电子密度,潜在和轨道:ADFVIEW

选择 SCM→查看

adf. VIEW将启动并显示分子的图片:

../_images/t1-5-adfview-startup.png.

您可以使用ADFView来可视化所有类型的“字段”相关属性:密度,轨道,潜力等您实际上已经使用过它:使用Adflevels创建的轨道的图片由ADFView显示。

使用鼠标旋转,翻译或缩放,如在ADFInput中。

在“属性”菜单中,有一些预定义的东西可视化:密度,旋转密度,同性恋,卢比等。如果选择其中一个,则会立即查看相应的项目。但是,Adfview可以做得更多,给你很多控制。

例如,让我们显示密度是静电势的亮度:

选择 添加→iSOSurface:彩色 command

图片下方将创建控制线。 ADFView为您添加的所有可视项和特殊字段(曲面,剪切平面,计算字段等)创建一个这样的行。

../_images/t1-5-adfview-control.png.

在这种特殊情况下,控制行包含两个用于选择要敏感的字段的下拉菜单。

从控制线的第一个下拉菜单中,选择 密度→密度SCF
../_images/t1-5-adfview-pulldown.png.
从控制线中的第二个下拉菜单中,选择 潜力→库仑潜力SCF
../_images/t1-5-adfview-denspot.png.

要展示ADFVIEW的其他可能性,请执行以下操作:

选择 属性→同性恋 command
单击第一个控制线中的最左侧复选框以隐藏密度
旋转分子以获得良好的观点
../_images/t1-5-adfview.pital.png
选择 添加→剪切平面:彩色 command
在新的控制线中,按下下拉菜单并选择 密度→密度SCF
单击“Isosurface”前面的复选框:使用阶段的行隐藏同性恋
选择碳和氧原子(三个原子)
单击“位置平面”选项旁边的“有原子”按钮(因此按钮,而不是复选框)
单击“Isosurface”前面的复选框:使用阶段的行显示同性恋
选择 字段→网格→中 command
单击是以重新计算字段
旋转你的分子以获得良好的观点
../_images/t1-5-adfview-colcut.png.

您可以使用保存图片菜单命令保存您创建的图片:

选择 文件→保存图片...
输入要创建的文件的名称(无扩展)
单击“保存”

您指定的(文件)名称的图片已创建。

您可能希望自己探索更多的adfview的可能性。当您可能在下拉菜单中发现了许多不同的属性可以可视化。

浏览输出:ADFOUTPUT

输出文件(Tutorial.out)是纯文本文件。您可以使用您喜欢的文本编辑器(或文本查看器)查看它。您还可以使用ADFOutput GUI模块,该模块提供了一种方便的方法来检查结果:

选择 SCM→输出 command
选择 迭代→几何周期 command

adf. Output程序将开始显示计算结果,并通过您跳转到具有几何细节的第一个部分的菜单:

../_images/t1-5-bob.png.

您可以使用菜单转到输出文件的不同部分,或者您可以使用滚动条。如果菜单选项已着色,这意味着输出的不相应部分可用。

小费

单击以蓝色突出显示的文本以跳转到下一节,如果存在,则具有相同标题。

小费

使用ADFOutput窗口底部的搜索框(CMD / CTRL-F)

正如我们现在完成的教程1所做的那样,关闭属于本教程的所有Windows:

选择 SCM→退出所有 任何ADF-GUI窗口中的命令

adf. -GUI的所有打开窗口都将关闭。