建筑框架和网状化合物

在本教程中,我们向用户展示如何通过GUI生成框架化合物。这些化合物从网状化学发出,并从科学界得到了相当大的关注。这些化合物的众所周知的家庭是金属有机骨架(MOF),共价有机骨架(COF),沸石等。

如果您对定期结构不感兴趣(例如,如果您只使用ADF),则可以跳过本教程。

您可以使用的仪器是:

  • autografs framework builder。
  • 自定义构建块的导出工具。

导出片段工具

虽然在ADF套件中运送了一个小型构建单元的数据库,但您可能需要生成自己的零件集合来生成框架。第一步是创建一个目录,其中将存储这些部件。在以下教程中,它将是“〜/桌面/ my_database /”目录。然后我们开始创建和导出单位的过程。

启动Adfinput并创建您想要出口的分子,用氢化液。在这里,我们将使用苯分子
接下来确保使用星形按钮最大化分子的对称性。
检查绑定信息是否正确。
切换到UFF - > Model ->Atom类型菜单,并填写相应的UFF原子类型。这些将用于框架的后处理优化。
../_images/benzene_atypes.png

最后,使用虚拟原子指定片段的连接。

使用原子用伪原子​​替换Para位置中的氢静脉 - > Change Atom Type -> Xx
../_images/benzene.png.

您现在可以将片段导出到数据库。

编辑 -> Framework -> Export Fragment
选择相应的几何。在这里,线性。
保存在My_Database / /“苯”下的目录中

对Biphyidine的同样做,并用八面体形状导出锌桨轮。 请注意将UFF类型正确分配给Bieyridine和PaddleWheel的虚拟物的重要性,以指定柱状物体中的独占连接类型。连接到氮的假人应具有氮素型,并且连接到碳类型的那些。猜测类型可用于良好的初始猜测。

../_images/bipy.png ../_images/pw.png.

您现在已设置为生成至少一个立方MOF,其中包含三个文件在my_database:benzene.inp,znpw.inp和bipy.inp中。

Framework Builder:构建柱状,功能化的MOF

编辑 -> Framework -> Builder
在路径字段中选择my_database目录
选择PCU拓扑
选择中心
以任何顺序选择链接器
选择柱子
../_images/Builder_sbus.png.
构建单元显示在左侧。任何修改都将进行到MOF上。
用胺基替换苯接头上的氢。
../_images/Builder_Func.png.
点击“生成”按钮(当询问您是否要保存链接器1时,答案否)
激活视图 - > Periodic -> Repeat Unit Cells
../_images/Builder_generated.png.
关闭框架建设者

将来自NH2组的添加氮原子的类型设置为N_3
选择UFF4MOF强制字段库
优化(仅框架)使用UFF进行零件以捕捉到位,别忘了优化晶格矢量!

优化准备好后,使用SCM - >电影查看优化的结果
激活视图 - > Periodic -> Repeat Unit Cells
点击播放按钮
../_images/lattice-optimization-movie.png