介绍

本文档描述了在支持的平台上安装Amsterdam建模套件(AMS)。为了最佳性能,可能需要一些特定的调整。因此,强烈建议也读取 附加信息和已知问题 .

阿姆斯特丹建模套件包括以下主要课程:

  • 计算发动机:ADF,乐队,COSMO-RS,DFTB,UFF,Reaxff和MoPac。每个引擎都有自己的(基于文本)的输入和输出,可以从脚本和命令行使用。 AMS2019中的新版本是 AMS. 驱动程序计划,其中包括乐队,DFTB,UFF和Reaxff发动机。在本手册中,我们尝试使用这个词 AMS. 对于所有计算引擎,和 adf. 用于分子DFT程序。
  • 公用事业和物业计划。这些主要用于计算引擎的预处理和后处理数据。
  • 图形用户界面(GUI),用于准备计算引擎的输入,并在视觉上呈现它们的结果。

AMS. 捆绑为完整的包,所有组件都已立即安装。您的许可证文件确定安装后将可用的功能。

AMS. 包是用Unix的环境写入的,但没有unix / commandline知识不需要安装或使用GUI的AMS。 Linux笔记本电脑和桌面用户可以按照说明进行操作 Linux QuickStart指南 安装AMS。 Windows用户可以在启动安装程序后遵循屏幕上的说明,或查看 Windows QuickStart指南。 MacOS / OSX用户可以简单地拖动&删除AMS应用程序安装它,查看 MacOS QuickStart指南 for more details.

如果您计划从命令行进行高级脚本或运行AMS,那么您需要知道如何编写shell脚本并具有环境变量的一些了解。如果您是将在共享的UNIX系统上安装包的人,例如Linux群集环境,则需要知道如何修改shell资源文件,如.bashrc。

要求

概括

AMS. 2019可用于从简单的笔记本电脑到大型Linux群集环境的任何内容,并在各种各样的硬件上进行测试。

推荐的最低硬件规格:

  • 英特尔I5或更好的64位CPU
  • 8GB RAM.
  • 250GB SSD
  • OpenGL 3.2图形

绝对最小硬件规范:

  • 64位CPU.
  • 2GB RAM.
  • 安装6GB存储
  • OpenGL 1.4图形

支持的操作系统:

  • Windows 7/8/10
  • OSX 10.9或更新,但建议osx10.13或更新
  • Linux具有Glibc V2.11或更高版本:CentOS / RHEL 6或7,Debian 6或更新,SUSE 11.3或更新,Ubuntu 10.04或更新等。

AMS. 包的特定硬件和软件要求取决于平台。支持的平台列表,包括有关操作系统,并行环境(MPI)和使用的编译器的信息 下载部分 of our web site.

详细的硬件要求

中央处理器

AMS. 2019在任何X86_64 CPU上运行,但在具有AVX或AVX-512指令集的现代英特尔CPU上表现最佳。与AMD处理器相比,英特尔CPU通常具有更好的浮点性能,而AMS在浮点运行上花费大部分时间。但是,在Linux上的AMS2019也可用于AVX2强制性风味,可针对AMD ZEN架构(Ryzen / Threadripper / EPYC CPU)进行优化。

记忆

在并行计算中,作业使用的内存总量是每个过程使用的内存量。从ADF2010开始,将一些大块的数据放在共享内存中,因此总和规则不会严格保持。原则上,计算每个过程的内存更为正确,但由于AMS是MPI程序,当过程数量对应于物理处理器核心的数量时,它最有效地运行。因此,下面的所有内存量都是每个处理器核心。

运行AMS所需的每核的RAM数量大大取决于您执行的计算类型。对于小的计算,256 MB就足够了,但如果有很多内存可用AMS可能会更快地运行。大量内存也降低了磁盘上的负载,这可能会根据I / O子系统和操作系统加速计算。

内存要求随系统大小增加。例如,对于含有DZ基础设定的100个原子的分子,可以足以具有256mb,但对于具有1000个原子的分子,可能需要高达8兆字节的分子。此外,如果您要执行TDDFT,相对论的旋转轨道或分析频率计算,那么内存量应该更大。作为指示,含有TZP基础组105个原子的有机金属络合物的分析振动频率计算使用高达1GB的RAM,但即使没有高效,也可以少完成。

磁盘

在Linux / UNIX上安装包,您需要约5GB(没有源)到8GB(带源和编译对象)。运行时(划痕)磁盘空间要求大大取决于您执行的计算类型。对于ADF程序,它可以为具有大量基础集的大分子的小分子为一百兆字节的小分子,与系统尺寸相当缩放的量。使用固态驱动器(SSD)有助于性能,尤其是更大的计算。

网络

首先,当其硬件MAC地址用作许可的计算机ID时,必须在计算机中存在网卡。

为了在独立Windows计算机上启用MPI,可以通过添加名为Microsoft环回适配器的网络“卡”来创建虚拟网络连接。此接口将从私有范围分配IP地址。

多主机并行性能。

就有关的性能而言,如果节点每个节点没有太多CPU核心,则交换千兆以太网通常足以在最多四个节点上的良好并行性能。如果您要使用更多的节点或具有高核心计数的节点(>每个节点的16个核心),您可能需要更快的通信硬件,例如Infiniband,以获得良好的性能。请注意,Windows上不支持多主机执行。

图形

从ADF2017开始,GUI要求OpenGL 3.2运行。对于Linux和Windows用户有一个可用于旧硬件的OpenGL1倒退模式,请阅读更多条件 远程GUI文档.

软件要求

操作系统

包在Windows上运行,并在以下UNIX变体上运行:Linux,Mac OS X.

在Apple Systems上,支持Mac OS X 10.9和较新的支持,但我们建议使用OS X 10.13或更新。

在Linux上,计算引擎,Python脚本环境和GUI需要Glibc版本为2.11或更高版本。 AMS在CentOS 6上编译,该代码每天在Centos 6,Ubuntu 16.04,Ubuntu 18.04和Arch上进行测试。

Windows的桌面版本(7,8,8.1和10)支持Windows版本的AMS。 Windows服务器是 不是 supported.

附加图书馆

某些版本的AMS将需要在系统上安装不同的库,具体取决于所使用的MPI库。

图形

为了运行图形用户界面(GUI),计算机需要具有开放的图形子系统(硬件,驱动程序和库)。除此之外,在Linux上必须安装以下(或等效)包:

fontconfig
freetype
libdrm
libICE
libSM
libstdc++
libX11
libXau
libXdmcp
libXext
libXft
libXrender
libXScrnSaver (Ubuntu users may need to install libXss1)
libXt
libXxf86vm
mesa-libGL
mesa-libGLU

吉伊 将无法启动这些包提供的共享库。

笔记: 如果您收到Libxss的错误(libxss.so.1:无法打开共享对象文件:没有这样的文件或目录),则需要安装libxscrsaver(redhat / centos:yum安装libxscrsaver)或libxss1(Ubuntu / debian:sudo apt安装libxss1)。

编译器

如果您有源代码的许可证,则可以使用或无需修改来编译源。

源主要由Fortran95 / 2003代码组成,其中一些小部件写入C.一些Fortran2003功能也使用了一些支持它的编译器。您必须使用对象兼容的Fortran和C编译器到我们在同一平台上使用的那些,因为代码的某些部分仅可用作对象模块。对于所有X86平台,它目前是英特尔Fortran 18或更新。它是不太可能的其他编译器,甚至是相同编译器的不同主要版本,将使用这些对象模块。我们无法支持与我们使用的不同的编译器。

要检查要使用的编译器,请检查网站下载部分的详细计算机信息。

AMS. 2018以来的重要变化

AMS. 2019没有进行重大的技术变化。

自adf2017以来的重要变更

自ADF2017以来的一些技术变更:

  • 对32位Windows没有更多支持:现在几乎所有PC在64位处理器和64位操作系统上运行。如果您需要32位版本,我们建议您使用ADF2017。
  • 旧图形上的GUI自动OpenGL回退模式:可在64位Windows和Linux上提供。
  • 在Linux上不再支持CentOS 5:Intel Ifort 18编译器不幸引入了一个不可避免的Glibc 2.11要求,这意味着AMS2018 / AMS2019不再适用于旧的Linux系统。
  • 适用于AMD ZEN处理器的Linux二进制文件:AMS2018 / AMS2019可提供AVX2指令,针对AMD ZEN架构进行了优化。这些二进制文件应用于AMD Ryzen / Threadripper和Eypc CPU以获得更好的性能。
  • 更新Python堆栈:我们的Python堆栈现在基于Enthough Python V3.6堆栈,大多数包含的模块也已更新。
  • AVX-512支持:AMS2018 / AMS2019使用AVX-512进行编译,为最新的Intel Xeon可扩展处理器(Skylake SP)。