马皮克 COSMO计算

这里简要介绍如何制作MOPAC COSMO结果文件。

最简单的方法是使用ADFInput。使用ADFInput绘制分子,并保存.adf文件。选择 右侧面板→MOPAC→溶剂化方法→COSMO-CRS。选择362 for nspa。按RUN运行MOPAC计算。将保存.coskf文件,可用作Cosmo-RS计算中的输入。

在AMS2019中,Adfinput使用MoPac引擎,这是AMS驱动程序的一部分。 请注意,这与AMS2018不同。 在AMS驱动器部分中的AMS驱动器部分中的原子块键放置分子的坐标。 AMS驱动程序和MOPAC引擎的主要输入键是:

$ADFBIN/ams << eor
Task GeometryOptimization
System
    Atoms
       ....
    End
End

Engine MOPAC
    Solvation
        Enabled Yes
        NSPA 362
        Solvent
            Name CRS
        End
    End
EndEngine

eor

使用溶剂CRS使MOPAC引擎创建一个.cos文件,该文件由$ adfbin / cosmo2kf转换为.coskf文件

cosmo2kf file.cos file.coskf

请注意,如果使用ADFInput,则会自动完成。

与默认的ADF COSMO-RS值相比一些 Cosmo-RS参数 与实验值相比,被重新考虑了MOPAC PM6 COSMO结果文件以改善许多分区系数的计算。请注意,MOPAC是半经验量子化学计划,而ADF基于密度泛函理论(DFT)。因此,MOPAC COSMO结果文件不会与ADF COSMO结果文件相同的质量。