教程:生成用于筛选取代效应的结构 一种¶

概述

筛选基础化合物的取代图是计算机辅助材料设计中的共同任务。 在以下简短教程中,我们展示了如何使用ADFprep自动化替代替代品的替代品,只需几行简单的Shell脚本。

../_images/adfprep_tutorial_intro.png.

内容:

  • Adfinput中的取代基文库
  • 用ADFPrep交换取代基
  • 在shell脚本中结合ADFPrep和Adfreport

adf. Input中的取代基文库

adf. Input附带可定制的常用替代品库,可以立即使用我们的筛选目的。 它可以通过ADFInput中的Surrutal Builder工具访问:

../_images/adfprep_tutorial_structure_tool.png.

注意条目如何组织。例如异氰化物官能团(“NC”) can be found in “Ligands”.

它也可以添加自己的化合物: 只需绘制感兴趣的结构,选择将作为锚的原子。

这就是你加入羧酸组的方式:

../_images/adfprep_tutorial_add_structure.png.

Adfinput将始终考虑位于坐标系的原点的原子为锚。 如果使用另存为结构命令,则会为您完成。更多信息,包括另一个信息 例如,可以在其中找到 建筑分子GUI教程。

用ADFPrep交换取代基

让我们考虑一个简单的苯环作为基础化合物:

../_images/adfprep_tutorial_benzene.png.

adf. Prep命令用异氰化物组交换氢原子#12(“NC”))并为UFF几何优化创建一个Runfile是:

"$ADFBIN/adfprep" -t UFF-GO -m benzene.xyz -structure "12 Ligands/NC.adf" > "benzene_NC.run"

记住这一点“CN”集团位于“Ligands” menu hence “Ligands/NC.adf”。如果路径包含空格,则需要在此示例中退出空格

"$ADFBIN/adfprep" -t UFF-GO -m benzene.xyz -structure "12 Alkyl\ Chains/Ethyl.adf" > "ethyl_benzene.run"

当使用定制取代基时,例如上述示例中的羟基 - 酸,需要提供全部路径给ADFPrep。 单击ADFInput和选择时单击结构工具时会显示路径“管理您的结构”. 在Ubuntu Linux系统上路径是“/home/[your_username]/.scm_gui/structures.”使用自己的结构的命令变为:

"$ADFBIN/adfprep" -t UFF-GO -m benzene.xyz -structure "12 /home/[your_username]/.scm_gui/structures./carboxylic_acid.adf" > "benzoic_acid.run"

把它整合在一起

以下几行Shell脚本演示了如何在苯环上自动交换替代品,在新结构上运行UFF优化,并用Adfreport提取优化的几何体。

#! /bin/sh
#
# copy the file benzene.xyz from the ADF compounds database
#
cp "$ADFHOME/atomicdata/Molecules/ADF/Benzene.xyz" .
#
# loop through different substituents
#
for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do
   #
   # prepare the coordinates and the UFF calculation
   #
   "$ADFBIN/adfprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.adf" > "benzene_$ligand.run"
   #
   # run UFF GeoOpt
   #
   sh "./benzene_$ligand.run"
   #
   # extract the optimized geometry via adfreport
   #
   "$ADFBIN/adfreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol"
   #
   # rename the generic UFF output file
   #
   mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"
done

运行脚本

Linux and Mac: Copy and paste the above into a file called substituents_script and execute it in the command line

sh substituents_script

Windows:只需使用预配置的shell, adf. _COMMAND_LINE.BAT.BAT. ,附带ADF运行与Linux和Mac用户相同的命令。