qmmm_surface:Ziegler-Natta催化作用一种¶

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这是Ziegler-Natta催化系统的一个例子: 嵌入MgCl表面的TiCl复合物,也有两个有机基材 附在表面上。要使计算更快,QM / MM方法是 应用。 QM部分仅包括活动位点和一块MGCL surface.

计算是正式的几何优化,而是 将样品可在合理的时间内可执行,样品仅执行一个 几何更新步骤。在优化中,所有MgCl表面原子都是 frozen.

标准力场已被修改以适应 这个计算。修改的力字段文件是示例运行的一部分 脚本。在此修改文件中,键在MM中的MG-CL原子之间定义 连接表。这导致一些结果 原子是线性的扭转。 要纠正这个问题,这些原子的扭转势是 设置为潜在类型‘0’ (no potential).

没有封盖原子介导债券之间的粘贴原子 qm和mm区域,因为边界通过mgcl表面,这是 ionically bound.

cat << eor > champ_de_force.ff
YBYL/TRIPOS FORCE FIELD FILE FOR adf. QM/MM
MODIFIED WITH UFF1.01 FOR Si Mg Ti Cl
L. Petitjean 15.11.1999
*************************************************************************

(修改力字段文件的大多数内容是 这里省略。您快速与标准Sybyl力达到差异 通过运行UNIX,在ADF数据库中的字段文件 on the two files.

====================================
eor


$ADFBIN/adf  << eor
Title  ADF-QMMM in a surface study
NoPrint SFO, Frag, Functions

! keywords for calculation methods and optimization
XC
  GGA    BLYP
End

Geometry
  Optim          Cartesian Selected
  Iterations     1
  HessUpd        BFGS
  Converge       e=1e-4 grad=1e-3 rad=1e-2
  Step           rad=0.15
END

这‘Iterations 1’几何形状中的子项规范 块指定仅执行优化中的一个步骤。

BeckeGrid
  Quality Basic
End

SCF
  Iterations  250
  Converge    1E-6 1E-6
  Mixing      0.2
  DIIS        N=10 OK=0.5 cyc=5 CX=5.0 BFAC=0
End


! keywords for molecule specification
Charge 0 0

Atoms Cartesian
    1 Mg    x1   y1   z1

(这里省略了原子块中的所有其他原子)

End

GeoVar
   x1=.00000 F
   y1=.00000 F
   z1=.00000 F
   x2=.00000 F
   y2=1.72129 F
   z2=1.82068 F
   x3=.00000 F
   y3=.00000 F
   z3=-3.64100 F
   x4=.00000 F
   y4=-1.72130 F
   z4=-1.82068 F
   x5=.00000 F
   y5=1.72130 F
   z5=-1.82032 F
   x6=.00000 F
   y6=1.72130 F
   z6=-5.46132 F
   x7=2.53903
   y7=.03004
   z7=-3.50645
   x8=2.50628
   y8=-.07048
   z8=-.10022
   x9=2.63009
   y9=3.50093
   z9=-3.02634
 ...

许多坐标都有一个‘F’在他们的初始价值之后 在Geovar下规范,表明将保留这些坐标 在优化期间冻结。

这里省略了剩余的初始值规范。

END
QMMM.
   OPTIMIZE
     MAX_STEPS 3000
     MAX_GRADIENT 0.01
     METHOD BFGS
     PRINT_CYCLES 100
   SUBEND

   FORCE_FIELD_FILE champ_de_force.ff

本地文件‘champ_de_force.ff’用作力场 文件。当然,这是我们的文件’刚刚在运行脚本中设置。

OUTPUT_LEVEL=1
WARNING_LEVEL=1
ELSTAT_COUPLING_MODEL=1

MM_CONNECTION_TABLE
    1   Mg  QM    2    4    5    8   58   60
...

省略MM_CONNECTION_TABLE块的内容。

SUBEND
CHARGES
  1    .957
  2    -.608
  3    1.017
  4    -.411
  5    -.561
...

为(全部)原子指定初始费用。无论 或者没有使用QM(和LI)原子上的电荷取决于类型 QM和MM系统之间的静电耦合。查看QM / MM手册的其余部分 details.

   SUBEND
END

Fragments
  Ti t21.Ti
  Cl t21.Cl
  Mg t21.Mg
  C  t21.C
  H  t21.H
End


End Input
eor