qmmm_cyt.一种¶

示例目录:adf / qmmm_cyt /

请参阅其余QM / MM手册,此用案用作a‘walk through’对于QMMM功能。

它是QM / mm的或多或少直接应用于 几何优化(Cytocine)。在原子中,列出所有原子(qm 和mm)。所有QM / MM方面,例如哪个原子属于QM核心 将被近似MM方法处理,在QMMM中发现 密钥块,以及其各种子密钥块。输入文件的其余部分是 与非QM / mm运行的情况不同。

使用标准的Amber95力领域,位于 在ADF分发的数据库中。

$ADFBIN/adf << eor
Title  CYT amber95 - Cartesian Geometry Optimization

Fragments
  C   t21.C
  H   t21.H
End

Charge  0  0

Atoms Cartesian
   1 C       1.94807   3.58290  -0.58162
   2 C       1.94191   3.61595   1.09448
   3 H       1.69949   4.49893  -1.05273
   4 H       2.99455   3.17964  -0.86304
   5 C       0.94659   2.40054  -0.92364
   6 N      -1.74397  -3.46417   0.31178
   7 C      -1.00720  -2.20758   0.33536
   8 C      -1.66928  -1.00652   0.31001
   9 C      -0.92847   0.25653   0.34895
  10 N       0.43971   0.26735   0.38232
  11 N       0.36409  -2.20477   0.28992
  12 C       1.09714  -0.95413   0.22469
  13 H      -2.89781  -3.50815   0.31746
  14 H      -1.21484  -4.49217   0.31721
  15 H      -2.80940  -0.93497   0.30550
  16 H      -1.55324   1.21497   0.33885
  17 C       1.23309   1.44017   0.30994
  18 O       2.58277  -1.01636   0.23914
  19 H       2.37276   1.25557   0.29984
  20 O       1.02358   2.43085   1.50880
  21 H       1.17136   1.95097  -1.87367
  22 H      -0.10600   2.77333  -0.80348
  23 H       1.62170   4.54039   1.51392
  24 H       2.99608   3.28749   1.41345
End

QMMM
   FORCEFIELD_FILE  $ADFRESOURCES/ForceFields/amber95.ff
   RESTART_FILE mm.restart
   OUTPUT_LEVEL=1
   WARNING_LEVEL=2
   ELSTAT_COUPLING_MODEL=1

   LINK_BONDS
     1 - 5       1.38000      H
     1 - 2       1.38030      H
   SUBEND

   MM_CONNECTION_TABLE
     1    CT    QM     2   3   4   5
     2    CT    LI     1  20  23  24
     3    HC    QM     1
     4    HC    QM     1
     5    CT    LI     1  17  21  22
     6    N2    MM     7  13  14
     7    CA    MM     6   8  11
     8    CM    MM     7   9  15
     9    CM    MM     8  10  16
    10    N*    MM     9  12  17
    11    NC    MM     7  12
    12    C     MM    10  11  18
    13    H     MM     6
    14    H     MM     6
    15    HA    MM     8
    16    H4    MM     9
    17    CT    MM     5  10  19  20
    18    O     MM    12
    19    H2    MM    17
    20    OS    MM     2  17
    21    HC    MM     5
    22    HC    MM     5
    23    H1    MM     2
    24    H1    MM     2
 SUBEND

 CHARGES
   1  0.0  CT
   2  0.0  CT
   3  0.0  HC
   4  0.0  HC
   5  0.0  CT
   6 -0.9530  N2
   7  0.8185  CA
   8 -0.5215  CM
   9  0.0053  CM
  10 -0.0484  N*
  11 -0.7584  NC
  12  0.7538  C
  13  0.4234  H
  14  0.4234  H
  15  0.1928  HA
  16  0.1958  H4
  17  0.0066  CT
  18 -0.6252  O
  19  0.2902  H2
  20 -0.2033  OS
  21  0.0000  HC
  22  0.0000  HC
  23  0.0000  H1
  24  0.0000  H1
 SUBEND

END

Geometry
  Iterations   20
  Converge   E=1.0E-3  Grad=0.0005
  Step       Rad=0.3   Angle=5.0
End

XC
  LDA  VWN
  GGA  PostSCF Becke Perdew
End

BeckeGrid
  Quality Basic
End

SCF
  Iterations  60
  Converge  1.0E-06  1.0E-6
  Mixing  0.20
  DIIS  N=10  OK=0.500  CX=5.00  CXX=25.00  BFAC=0.00
End

End Input
eor