脚本示例

Cosmo结果福彩3d字迷

示例目录:$ adfhome / simem / crs / tutorial1

这个例子试图像在...中一样 Cosmo-RS GUI教程:COSMO结果福彩3d字迷, using scripts.

在该示例的第一部分,您将找到如何使用ADFPREP构建ADF Cosmo结果福彩3d字迷。 模板ADFCRS将执行气相几何优化(用于水,在这种情况下), 接下来,在气相优化几何体处计算COSMO计算。 结果福彩3d字迷ADFWater.coskf是ADF Cosmo结果福彩3d字迷,可用作Cosmo-RS计算的输入。

cat << eor > water.xyz
3

H       0.00000000       0.77121000       0.18071000
O       0.00000000      -0.00000000      -0.36142000
H       0.00000000      -0.77121000       0.18071000
eor

"$ADFBIN/adfprep" -t adf.CRS -m water.xyz -j adfwater >job
chmod +x job
./job

"$ADFBIN/adfreport" adfwater.t21 geometry-a*
"$ADFBIN/adfreport" adfwater.coskf energies

在示例的第二部分中,构建了MOPAC COSMO结果福彩3d字迷。 模板MOPAC-GO将执行COSMO几何优化,if -g“mopac.solv COSMO-CRS” is included. 结果福彩3d字迷MopacWater.coskf是MoPac Cosmo结果福彩3d字迷,可用作Cosmo-RS计算的输入。

"$ADFBIN/adfprep" -t 马皮克-GO -m water.xyz -g "mopac.solv COSMO-CRS" -j mopacwater >job
chmod +x job
./job

"$ADFBIN/adfreport" mopacwater.rkf geometry-a*
"$ADFBIN/adfreport" mopacwater.coskf energies

Cosmo-Rs.参数和分析

示例目录:$ adfhome / examples / crs / tutorial2

这个例子试图成为一部分 Cosmo-Rs. GUI教程:参数和分析, using scripts.

首先,某些.coskf福彩3d字迷被复制到脚本正在运行的位置。

cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/benzene.coskf .
cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/ethanol.coskf .
cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/methanol.coskf .
cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/water.coskf .

设置纯复合参数

在该示例的第一部分,您将找到如何使用Crsprep设置纯复合参数,在这种情况下设置 苯分子的环原子的数量,具有6个环原子。 福彩3d字迷enzene.coskf已更改,使其包含该值“6”对于环形化合物的数量。

"$ADFBIN/crsprep" -c benzene.coskf -nring 6 -savecompound

Sigma曲线和Sigma潜力

下一步为方便起见,福彩3d字迷Tutorial2.CompoundList是由4 Coskf福彩3d字迷组成的。

cat << eor > tutorial2.compoundlist
   benzene.coskf
   ethanol.coskf
   methanol.coskf
   water.coskf
eor

在示例的第二部分中,为四种化合物(结果福彩3d字迷STEP6.CRSKF)计算SIGMA配置福彩3d字迷,以及下一个化合物 SIGMA潜力(\(\ sigma \) - 四种纯化合物(结果福彩3d字迷STEP7.CRSKF)。 With adfreport. 可以从标准输出上从.crskf福彩3d字迷中获取计算的sigma配置福彩3d字迷或sigma电位。

"$ADFBIN/crsprep" -t PURESIGMAPROFILE -c tutorial2.compoundlist -j step6 > job
"$ADFBIN/crsprep" -t PURESIGMAPOTENTIAL -c tutorial2.compoundlist -j step7 >> job
chmod +x job
./job
echo "Results"
"$ADFBIN/adfreport" step6.crskf sigma
"$ADFBIN/adfreport" step6.crskf sigma-profile
"$ADFBIN/adfreport" step6.crskf sigma-profile-hb
"$ADFBIN/adfreport" step7.crskf sigma-potential
echo "Ready"

Cosmo-Rs属性

示例目录:$ adfhome / examples / crs / tutorial3

这个例子试图做与 Cosmo-RS GUI教程:属性, using scripts.

此示例以将4 COSKF福彩3d字迷复制到当前目录,并修改苯并修改,使得环原子的数量为6,如前示例中。

cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/benzene.coskf .
cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/ethanol.coskf .
cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/methanol.coskf .
cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial2/water.coskf .
"$ADFBIN/crsprep" -c benzene.coskf -nring 6 -savecompound

第2步:蒸气压

在实施例的步骤2中,在298.15k的默认温度下计算甲醇的蒸气压(结果福彩3d字迷step2a.crskf), 在10个步骤中,一系列温度范围为273.15 k至373.15 k(结果福彩3d字迷STEP2B.CRSKF)。

"$ADFBIN/crsprep" -t PUREVAPORPRESSURE -j step2a \
                  -c methanol.coskf > job
"$ADFBIN/crsprep" -t PUREVAPORPRESSURE -temperature 273.15 -temperature 373.15 \
                  -j step2b \
                  -c methanol.coskf >> job
./job
echo "Step 2a"
"$ADFBIN/adfreport" step2a.crskf temperature
"$ADFBIN/adfreport" step2a.crskf pressure
"$ADFBIN/adfreport" step2a.crskf enthalpy-vaporization
echo "Step 2b"
"$ADFBIN/adfreport" step2b.crskf temperature
"$ADFBIN/adfreport" step2b.crskf pressure
"$ADFBIN/adfreport" step2b.crskf enthalpy-vaporization

第3步:沸点

在实施例的步骤3中,计算甲醇和乙醇的混合物的沸点, 对于10个步骤的一系列压力范围为0.101325至1.01325 BAR(结果福彩3d字迷STEP3.CRSKF)。 该混合物由50%摩尔分数甲醇和50%摩尔级分乙醇组成。

"$ADFBIN/crsprep" -t BOILINGPOINT -pressure 0.101325 -pressure 1.01325 -j step3 \
                  -c methanol.coskf -frac1 0.5 \
                  -c ethanol.coskf -frac1 0.5 > job
./job
echo "Step 3"
"$ADFBIN/adfreport" step3.crskf temperature
"$ADFBIN/adfreport" step3.crskf pressure

第4步:闪点

在实施例的步骤4中,计算乙醇和水的混合物的闪点(结果福彩3d字迷STEP4.CRSKF)。 该混合物由44.2%质量分数甲醇和55.8%质量分数乙醇组成。 对于闪点计算,需要纯复合闪点作为输入,因为COSMO-RU无法预测纯复合闪点。 对于纯乙醇,闪光点为286 k被保存在福彩3d字迷ethanol.coskf中。

"$ADFBIN/crsprep" -c ethanol.coskf -flashpoint 286 -savecompound

"$ADFBIN/crsprep" -t FLASHPOINT -massfraction -j step4 \
                  -c ethanol.coskf -frac1 0.442 \
                  -c water.coskf -frac1 0.558 > job
./job
echo "Step 4 flash point"
$ADFBIN/adfreport step4.crskf temperature

第5步:活动系数,亨利系数,溶剂化自由能量

在实施例的步骤5中,在溶剂水中计算无限稀释的溶质苯,甲醇和乙醇(结果福彩3d字迷STEP5.CRSKF)。 将计算活动系数,亨利系数和溶剂化自由能。 一个人应该包括水的标志,因为它是溶剂,并且认为这里是一种特殊的化合物。

"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -j step5 \
                  -s water.coskf \
                  -c benzene.coskf -c ethanol.coskf -c methanol.coskf > job
./job
echo "Step 5 Activity coefficients, Henry's law constants, Solvation energy"
"$ADFBIN/adfreport" step5.crskf Activity-Coefficient
"$ADFBIN/adfreport" step5.crskf Henry
"$ADFBIN/adfreport" step5.crskf Gibbs-energy-solvation

步骤6:分区系数(log p)

在实施例的步骤6中,计算在两个不混溶溶剂的混合物中无限稀释的溶质的分区系数。 在步骤6a中,计算默认的OctAnol /水分区系数(默认值2)(结果福彩3d字迷STEP6A.CRSKF)。 在步骤6b中,计算用户定义的(-PreSet 0)苯/水分区系数(结果福彩3d字迷Step6B.CRSKF)。 在这种情况下,人们应该包括苯和水的标志,因为这些是两个不混溶的溶剂,并且认为这里是特殊的化合物。 化合物苯和水的顺序是重要的,因为用标志 - volumeChotient给出了相1(苯)除以相2(水)的摩尔体积的摩尔体积。

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -j step6a \
                  -c benzene.coskf -c ethanol.coskf -c methanol.coskf > job
"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -preset 0 -volumequotient 4.93 -j step6b \
                  -s benzene.coskf -s water.coskf \
                  -c ethanol.coskf -c methanol.coskf >> job
./job
echo "Step 6a octanol/water"
"$ADFBIN/adfreport" step6a.crskf logp
echo "Step 6b benzene/water"
"$ADFBIN/adfreport" step6b.crskf logp

第7步:溶解度

在实施例的步骤7中,计算化合物的溶解度。溶质可以是液体,固体或气体。 第一种苯的纯净化合物的设定:熔点,融合焓,沸点(杂志.COSKF)。

"$ADFBIN/crsprep" -c benzene.coskf -meltingpoint 278.7 -hfusion 2.37 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -c benzene.coskf -tvap 353.3 -pvap 1.01325 -savecompound

在步骤7a中,将苯在水中的溶解度计算在10步的273.15k至373.15k的温度范围内(结果福彩3d字迷Step7a.crskf)。 如果使用模板纯化性,则在这种情况下,特殊化合物是溶质,苯。 低于278.7 k,苯是固体。这将被考虑,因为融合的熔点和血栓焓存在于苯并苯.COSKF上。 在较高的温度下,假设苯是液体。 注意,此估算在苯的正常沸点上方苯的蒸气压将高于1.01325巴。

"$ADFBIN/crsprep" -t PURESOLUBILITY -temperature 273.15 -temperature 373.15 -j step7a \
                  -s benzene.coskf \
                  -c water.coskf > job

在步骤7b中,再次使用模板溶解度计算(不同)温度范围(结果福彩3d字迷Step7B.CRS)的水中苯的溶解度。 如果使用模板溶解度,则特殊化合物是溶剂,在这种情况下水。 为了使用溶剂水的密度1.0kg / l。 低于278.7k苯是一个坚实的。这将被考虑,因为融合的熔点和血栓焓存在于苯并苯.COSKF上。 在较高的温度下,假设苯是液体。

"$ADFBIN/crsprep" -t SOLUBILITY -temperature 273.15 -temperature 283.15 \
                  -densitysolvent 1.0 -j step7b \
                  -s water.coskf \
                  -c benzene.coskf >> job

在步骤7c中,再次使用模板溶解度来计算苯在水中的溶解度在水中高于苯(结果福彩3d字迷STEP7C.CRS)的温度范围。 如果使用模板溶解度,则特殊化合物是溶剂,在这种情况下水。 对于水的密度1.0kg / l。 对于苯的蒸气压,使用1.01325棒。

"$ADFBIN/crsprep" -t SOLUBILITY -temperature 353.3 -temperature 373.15 \
                  -densitysolvent 1.0 -solphase Gas -pressure 1.01325 -j step7c \
                  -s water.coskf \
                  -c benzene.coskf >> job

溶剂中气体的溶解度也可以使用亨利的定律计算,这对于理想的稀释溶液有效。 可以用模板activityCoef计算亨利系数。 在实施例的步骤7d中,在溶剂水中计算无限稀释的溶质苯(结果福彩3d字迷STEP7D.CRSKF) 在363.15k的温度下 如果使用模板活性涂料,则特殊化合物是溶剂,在这种情况下水。 对于水的密度1.0kg / l。

"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -temperature 363.15 -densitysolvent 1.0 -j step7d \
                  -s water.coskf \
                  -c benzene.coskf >> job

接下来,运行作业,它将生成CRSKF福彩3d字迷,并且在步骤7中为所有计算进行报告。

./job
echo "Step 7a"
"$ADFBIN/adfreport" step7a.crskf solubility-x
echo "Step 7b"
"$ADFBIN/adfreport" step7b.crskf solubility-g
echo "Step 7c"
"$ADFBIN/adfreport" step7c.crskf solubility-m
echo "Step 7d"
"$ADFBIN/adfreport" step7d.crskf henry

第8步:二元混合物VLE / LLE

在步骤8中,使用模板binmixcoef计算两个组件的混合物的相图。 恰好应该给出两种化合物。 在实施例的步骤8a中,在298.14k(结果福彩3d字迷STEP8A.CRSKF)下计算水和甲醇的二元混合物。

"$ADFBIN/crsprep" -t BINMIXCOEF -temperature 298.14 -j step8a \
                  -s water.coskf \
                  -s methanol.coskf > job

在实施例的步骤8b中,在322.45k(结果福彩3d字迷STEP8B.CRSKF)下计算水和乙醇的二元混合物。 纯化合物蒸汽压力用-tvap(温度为k)和-pvap(括号中的蒸气压)。 优选地,应包括两种化合物的-TVAP和-PVAP。如果给出了一个-tvap和一个-pvap,则假设第一个化合物。 请注意,在这种情况下,这些纯复合值不会被保存到水中或乙醇.COSKF。

"$ADFBIN/crsprep" -t BINMIXCOEF -temperature 322.45 -j step8b \
                  -s water.coskf -tvap 322.45 -pvap 0.123416 \
                  -s ethanol.coskf -tvap 322.45 -pvap 0.294896 >> job

在实施例的步骤8c中,在323.15k(结果福彩3d字迷STEP8C.CRSKF)下计算水和苯的二元混合物。 水和苯不混合得很好。在这种情况下,将计算液体平衡(LLE)。 计算二元混合物的混合物的数量应该不太小,否则2个不混溶的液相的性质将不如此准确。 在这种情况下,选择混合物100的数量。在这种情况下,实际混合物的混合物数量为55。

"$ADFBIN/crsprep" -t BINMIXCOEF -temperature 323.15 -n 100 -j step8c \
                  -s water.coskf \
                  -s benzene.coskf >> job

在实施例的步骤8d中,在1.01325巴的恒定总蒸气压(-iSo isobar)下计算甲醇和乙醇的二元混合物(结果福彩3d字迷STEP8D.CRSKF)。 纯化合物蒸汽压力用-tvap(温度为k)和-pvap(括号中的蒸气压)。 优选地,应包括两种化合物的-TVAP和-PVAP。如果给出了一个-tvap和一个-pvap,则假设第一个化合物。 请注意,在这种情况下,这些纯复合值不会保存到甲醇.COSKF或乙醇。

"$ADFBIN/crsprep" -t BINMIXCOEF -iso isobar -pressure 1.01325 -j step8d \
                  -s methanol.coskf -tvap 338 -pvap 1.01325 \
                  -s ethanol.coskf -tvap 351 -pvap 1.01325 >> job

接下来,运行作业,该作业将生成CRSKF福彩3d字迷,并且在步骤8中为所有计算进行报告。

./job
echo "Step 8a"
"$ADFBIN/adfreport" step8a.crskf molar-fraction
"$ADFBIN/adfreport" step8a.crskf excess-g
"$ADFBIN/adfreport" step8a.crskf excess-h
echo "Step 8b"
"$ADFBIN/adfreport" step8b.crskf vapor-pressure
echo "Step 8c"
"$ADFBIN/adfreport" step8c.crskf miscibility-gap
"$ADFBIN/adfreport" step8c.crskf miscibility-gap-x
"$ADFBIN/adfreport" step8c.crskf miscibility-gap-a
echo "Step 8d"
"$ADFBIN/adfreport" step8d.crskf temperature

第9步:三元混合物VLE / LLE

在步骤9中,使用模板Ternarymix计算三个组分的混合的相图。 应该给出三种化合物。 为方便起见,首先一些纯复合特性(常规沸点)保存到.coskf福彩3d字迷。

"$ADFBIN/crsprep" -c water.coskf    -tvap 373.15 -pvap 1.01325 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -c methanol.coskf -tvap 338    -pvap 1.01325 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -c ethanol.coskf  -tvap 351    -pvap 1.01325 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -c benzene.coskf  -tvap 353.3  -pvap 1.01325 -savecompound

在实施例的步骤9a中,在343.15k(结果福彩3d字迷STEP9A.CRSKF)下计算甲醇,乙醇和苯的三元混合物。 在实施例的步骤9b中,在1.01325巴的恒定总蒸气压(-iSo isobar)下计算水,乙醇和苯的三元混合物(结果福彩3d字迷Step9B.CRSKF)。 在步骤9b中,将计算三元混合物的混溶性间隙。 在这种情况下,在混溶性间隙内有两个液体在平衡中存在两个阶段。 可以在计算出的连接线的端点处找到平衡的两个阶段的组成。

"$ADFBIN/crsprep" -t TERNARYMIX -temperature 343.15 -j step9a \
                  -s methanol.coskf -s ethanol.coskf -s benzene.coskf  > job
"$ADFBIN/crsprep" -t TERNARYMIX -iso isobar -pressure 1.01325 -j step9b \
                  -s water.coskf -s ethanol.coskf -s benzene.coskf >> job
./job
echo "Step 9a"
"$ADFBIN/adfreport" step9a.crskf molar-fraction
"$ADFBIN/adfreport" step9a.crskf pressure
"$ADFBIN/adfreport" step9a.crskf miscibility-gap
echo "Step 9b"
"$ADFBIN/adfreport" step9b.crskf miscibility-gap
"$ADFBIN/adfreport" step9b.crskf tie-lines-x
"$ADFBIN/adfreport" step9b.crskf temperature

步骤10:溶剂S1和S2之间的组合线

在步骤10中,用模板组成符号计算两种溶剂的两种溶剂的混合物的相图。 在该步骤中,将更详细地研究水,乙醇和步骤9b的苯的三元混合物的连接线之一。 请注意,在此处使用.COSKF福彩3d字迷,其中将正常沸点保存到(在步骤9中)。 将计算混合物的溶剂的摩尔(或质量)级分列表,溶剂1和溶剂2的组合物是线性的内插。 在这种情况下,溶剂1由0.3摩尔级分乙醇和0.7摩尔级分苯组成,和 溶剂2由0.9摩尔分数水和0.1摩尔级分乙醇组成。 在实施例的步骤10a中,该混合物在1.01325巴的恒定总蒸气压(-iso isobar)处计算(结果福彩3d字迷STEP10A.CRSKF)。 在示例的步骤10b中,该混合物在341.05k(结果福彩3d字迷STEP10B.CRSKF)下计算。 为什么选择该温度可以在 Cosmo-RS GUI教程步骤10:属性,

"$ADFBIN/crsprep" -t COMPOSITIONLINE -iso isobar -pressure 1.01325 -n 100 -j step10a \
                  -s water.coskf   -frac1 0.0 -frac2 0.9 \
                  -s ethanol.coskf -frac1 0.3 -frac2 0.1 \
                  -s benzene.coskf -frac1 0.7 -frac2 0.0 > job
"$ADFBIN/crsprep" -t COMPOSITIONLINE -temperature 341.05 -n 100 -j step10b \
                  -s water.coskf   -frac1 0.0 -frac2 0.9 \
                  -s ethanol.coskf -frac1 0.3 -frac2 0.1 \
                  -s benzene.coskf -frac1 0.7 -frac2 0.0 >> job
./job
echo "Step 10a"
$ADFBIN/adfreport step10a.crskf ncomp
$ADFBIN/adfreport step10a.crskf frac1
$ADFBIN/adfreport step10a.crskf frac2
$ADFBIN/adfreport step10a.crskf solvent-fraction
$ADFBIN/adfreport step10a.crskf molar-fraction
$ADFBIN/adfreport step10a.crskf activity-coefficient
echo "Step 10b"
$ADFBIN/adfreport step10b.crskf Gibbs-energy-mixing

Cosmo-Rs.复合数据库

示例目录:$ adfhome / examples / crs / tutorial4

这个例子试图像在...中一样 Cosmo-RS GUI教程:COSMO-RS复合数据库, using scripts. 在许多下一个例子中,较少的化合物包括在Cosmo-RS GUI教程中。

首先,某些.coskf福彩3d字迷被复制到脚本正在运行的位置。 这些.coskf福彩3d字迷是完整数据库的示例。

cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial4/*coskf .

4.2辛醇 - 水分区系数(log pow )

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -j t4.2 \
                  -c Methanol.coskf > job
./job
echo "4.2"
"$ADFBIN/adfreport" t4.2.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.2.crskf logp

4.3:亨利’s law constants

"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -temperature 293.15 -densitysolvent 0.998 -j t4.3a \
                  -s Water.coskf \
                  -c Acetone.coskf -c Benzene.coskf -c Ethanol.coskf \
                  -c Methanol.coskf > job
./job
echo "4.3a"
"$ADFBIN/adfreport" t4.3a.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.3a.crskf henry

"$ADFBIN/crsprep" -s Acetone.coskf  -pvap 0.246 -tvap 293.15 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Benzene.coskf  -pvap 0.100 -tvap 293.15 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Ethanol.coskf  -pvap 0.059 -tvap 293.15 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Methanol.coskf -pvap 0.129 -tvap 293.15 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Water.coskf    -pvap 0.02536 -tvap 293.15 -savecompound

"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -temperature 293.15 -densitysolvent 0.998 -j t4.3b \
                  -s Water.coskf \
                  -c Benzene.coskf -c Ethanol.coskf -c Methanol.coskf > job
./job
echo "4.3b"
"$ADFBIN/adfreport" t4.3b.crskf henry

4.4:香草蛋白在有机溶剂中的溶解度

"$ADFBIN/crsprep" -s Vanillin.coskf -meltingpoint 355 -hfusion 5.35 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -t PURESOLUBILITY -j t4.4 \
                  -s Vanillin.coskf \
                  -c Ethanol.coskf -c Methanol.coskf -c Water.coskf > job
./job
echo "4.4"
"$ADFBIN/adfreport" t4.4.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.4.crskf solubility-x
"$ADFBIN/adfreport" t4.4.crskf solubility-m

4.5:甲醇和己烷的二元混合物

"$ADFBIN/crsprep" -s Methanol.coskf -pvap 0.845 -tvap 333.15 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Hexane.coskf   -pvap 0.77  -tvap 333.15 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -t BINMIXCOEF -temperature 333.15 -n 100 -j t4.5a \
                  -s Methanol.coskf \
                  -s Hexane.coskf > job
./job
echo "4.5a"
"$ADFBIN/adfreport" t4.5a.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.5a.crskf molar-fraction
"$ADFBIN/adfreport" t4.5a.crskf pressure
"$ADFBIN/adfreport" t4.5a.crskf miscibility-gap
"$ADFBIN/adfreport" t4.5a.crskf miscibility-gap-x
"$ADFBIN/adfreport" t4.5a.crskf miscibility-gap-a

"$ADFBIN/crsprep" -s Methanol.coskf -pvap 1.01325 -tvap 337.8 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Hexane.coskf   -pvap 1.01325 -tvap 342   -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -t BINMIXCOEF -pressure 1.01325 -iso isobar -n 100 -j t4.5b \
                  -s Methanol.coskf \
                  -s Hexane.coskf > job
./job
echo "4.5b"
"$ADFBIN/adfreport" t4.5b.crskf molar-fraction
"$ADFBIN/adfreport" t4.5b.crskf temperature
"$ADFBIN/adfreport" t4.5b.crskf miscibility-gap
"$ADFBIN/adfreport" t4.5b.crskf miscibility-gap-x
"$ADFBIN/adfreport" t4.5b.crskf miscibility-gap-a

4.6:水中大无限稀释活动系数

"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -temperature 298.15 -j t4.6 \
                  -s Water.coskf \
                  -c Benzene.coskf > job
./job
echo "4.6"
"$ADFBIN/adfreport" t4.6.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.6.crskf activity-coefficient

4.7:ADF COSMO-RS的参数化:溶剂化能量,蒸汽压力,隔板系数

cat << eor > small.compoundlist
Hexane.coskf
Methanol.coskf
Ethanol.coskf
Acetone.coskf
Benzene.coskf
Water.coskf
eor

"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -temperature 298.15 -densitysolvent 0.997 -j t4.7a \
                  -inputpurevap 0 \
                  -s Water.coskf \
                  -c small.compoundlist > job
./job
echo "4.7a"
"$ADFBIN/adfreport" t4.7a.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.7a.crskf gibbs-energy-solvation

"$ADFBIN/crsprep" -t PUREVAPORPRESSURE -temperature 298.15 -j t4.7b \
                  -c small.compoundlist -inputpurevap 0 > job
./job
echo "4.7b"
"$ADFBIN/adfreport" t4.7b.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.7b.crskf vapor-pressure

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -j t4.7c -c small.compoundlist > job
./job
echo "4.7c Octanol/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.7c.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.7c.crskf logp

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -preset 5 -j t4.7d -c small.compoundlist > job
./job
echo "4.7d Hexane/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.7d.crskf logp

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -preset 3 -j t4.7e -c small.compoundlist > job
./job
echo "4.7e Benzene/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.7e.crskf logp

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -preset 4 -j t4.7f -c small.compoundlist > job
./job
echo "4.7f Ether/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.7f.crskf logp

4.8:Cosmo-SAC 2013-ADF

"$ADFBIN/crsprep" -t PURESIGMAPROFILE -m COSMOSAC2013 -c Water.coskf \
                  -c Ethanol.coskf -j t4.8a > job
./job
echo "4.8a"
"$ADFBIN/adfreport" t4.8a.crskf sigma
"$ADFBIN/adfreport" t4.8a.crskf sigma-profile
"$ADFBIN/adfreport" t4.8a.crskf sigma-profile-hb

"$ADFBIN/crsprep" -s Methanol.coskf -density 0.7918  -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Ethanol.coskf  -density 0.789  -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Acetone.coskf  -density 0.791  -savecompound

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -m COSMOSAC2013 -j t4.8b -c Methanol.coskf \
                  -c Ethanol.coskf -c Acetone.coskf > job
./job
echo "4.8b Octanol/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.8b.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t4.8b.crskf logp

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -m COSMOSAC2013 -preset 5 -j t4.8c -c Methanol.coskf \
                  -c Ethanol.coskf -c Acetone.coskf > job
./job
echo "4.8c Hexane/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.8c.crskf logp

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -m COSMOSAC2013 -preset 3 -j t4.8d -c Methanol.coskf \
                  -c Ethanol.coskf -c Acetone.coskf > job
./job
echo "4.8d Benzene/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.8d.crskf logp

"$ADFBIN/crsprep" -t LOGP -m COSMOSAC2013 -preset 4 -j t4.8e -c Methanol.coskf \
                  -c Ethanol.coskf -c Acetone.coskf > job
./job
echo "4.8e Ether/Water"
"$ADFBIN/adfreport" t4.8e.crskf logp

"$ADFBIN/crsprep" -s Acetone.coskf -density 0.791 \
                  -pvap 3.7     -tvap 373.15 -savecompound
"$ADFBIN/crsprep" -s Water.coskf   -density 0.997 \
                  -pvap 1.01325 -tvap 373.15 -savecompound

"$ADFBIN/crsprep" -t BINMIXCOEF -m COSMOSAC2013 -temperature 373.15 -n 20 -j t4.8f \
                  -s Acetone.coskf \
                  -s Water.coskf > job
./job
echo "4.8f"
"$ADFBIN/adfreport" t4.8f.crskf molar-fraction
"$ADFBIN/adfreport" t4.8f.crskf vapor-pressure
"$ADFBIN/adfreport" t4.8f.crskf pressure

PKA值

示例目录:$ ADFHOME /示例/ CRS / TUTIRAL5

这个例子试图像在...中一样 Cosmo-Rs. GUI教程:PKA值, 第一个.coskf福彩3d字迷被复制到脚本运行的位置, 接下来,准备工作并提出报告。 Check the Cosmo-Rs. GUI教程:PKA值 如何处理结果。

cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial5/*.coskf .
cp $ADFHOME/examples/crs/Tutorial5/*compoundlist .

echo "Acids"
"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -j t5.1a \
                  -c tutoral5.1_acid.compoundlist > job
./job
"$ADFBIN/adfreport" t5.1a.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t5.1a.crskf Activity-Coefficient
"$ADFBIN/adfreport" t5.1a.crskf Gibbs-energy-solvation
"$ADFBIN/adfreport" t5.1a.crskf Gibbs-energy-solute

echo "Bases"
"$ADFBIN/crsprep" -t ACTIVITYCOEF -j t5.1b \
                  -c tutoral5.1_base.compoundlist > job
./job
"$ADFBIN/adfreport" t5.1b.crskf compounds-name
"$ADFBIN/adfreport" t5.1b.crskf Activity-Coefficient
"$ADFBIN/adfreport" t5.1b.crskf Gibbs-energy-solvation
"$ADFBIN/adfreport" t5.1b.crskf Gibbs-energy-solute

echo "Ready"