示例:DRF:脚本工具

Download DIMQM_DRF_plams.run

在此示例中,Python脚本用于使用PLAM(Python库以自动化分子模拟)的DRF计算。 Plams负责输入准备,工作执行,文件管理和输出处理, see also the PLAMS文档在脚本手册中. DRF Python脚本具有默认设置,如果需要,可以轻松修改。 在最简单的情况下,用户只需要提供QM和DRF区域(以XYZ格式)。 通常,用户还可能想要为QM和DRF区域选择功能,基本集和数值质量。 缺省情况下,使用用于DRF的原子电荷,使用LDA功能,DZP基集和正常数值计算。 也默认情况下,原子偏振性(用旋孔计算’S模型)取自包括H,C,N,O,F,S,CL,BR的内部数据库,I原子[146]。 主程序为DRF计算,读取QM和DRF区域的一般设置定义了一系列功能,读取QM和DRF区域,分类相同类型的DRF分子(首先通过公式,然后用于给定公式的配置),计算给定的设置,计算,单一分子独特的DRF型的电荷并为属于给定的DRF型(保留原子令)的其余分子分配原子电荷。

DRF Python脚本dimqm_drf_plams.py用户可能需要更改或扩展:

from DIMQM_DRF_plams_module import full_DIMQM_DRF

qm_region_filename = 'qm.xyz'
drf_region_filename = 'drf.xyz'

settings = Settings()
settings.input.Basis.Type = 'TZP'
settings.input.XC['_1'] = 'GGA BLYP'
settings.input.NumericalQuality = 'Normal'

full_DIMQM_DRF(qm_region_filename, drf_region_filename, settings, drf_charges_type='MDC-q charges', drf_fragment_settings=None)

这个dimqm_drf_plams.py导入dimqm_drf_plams_module.py,其中包含将DRF区域分成独特分子的脚本,它,计算每个独特类型的单个DRF分子的原子电荷,为所有的原子收费和原子偏振分配DRF分子并定义QM_DRF设置。

运行脚本dimqm_drf_plams.run包含一个示例,如何使用dimqm_drf_plams.py脚本。 在这个简单的例子中,QM和DRF区域都由甲酸分子组成。

cp $ADFHOME/examples/adf/DIMQM_DRF_plams/formic_acid_qm.xyz qm.xyz
cp $ADFHOME/examples/adf/DIMQM_DRF_plams/formic_acid_drf.xyz drf.xyz
cp $ADFHOME/examples/adf/DIMQM_DRF_plams/DIMQM_DRF_plams_module.py .
cp $ADFHOME/examples/adf/DIMQM_DRF_plams/DIMQM_DRF_plams.py .

$ADFBIN/plams DIMQM_DRF_plams.py

每次运行PLAMS脚本时,都会创建一个唯一名为的工作目录(PLAM。*****)。 此文件夹将每个作业包含一个子目录。 每个作业目录都包含作业’S输入和结果文件。 在这种情况下,ADF计算用于DRF的原子电荷的ADF计算。 接下来存在一个目录,计算完整系统。