Cosmo结果文件

如果您已经对您感兴趣的所有化合物有Cosmo结果文件,则可以跳过本教程,而不会导致问题。例如,ADF具有Cosmo结果文件的数据库, Cosmo-Rs.复合数据库ADFCRS-2010.

本教程的目的是教导您如何使用ADF程序制作化合物的数据,使得可以由Cosmo-Rs读取。 COSMO-RS预计所谓的COSMO结果文件,它是使用COSMO的量子力学福彩3d字迷的结果。在ADF中,这种Cosmo结果文件称为CAFT21(.t21)文件或COSKF(.coskf)文件。例如 Cosmo-Rs.复合数据库ADFCRS-2010 由.coskf文件组成。在其他程序中,这样的文件可以是.cosmo文件。例如,在 http://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html 可以找到.cosmo文件的数据库,它是用不同的程序制作的。请注意,最佳COSMO-RS参数可能取决于所选择的程序。

在开始本教程之前,请阅读第一个GUI教程。 甚至更好:尝试自己自己使用ADF-GUI,特别是 入门教程.

在本教程中,制作ADF Cosmo结果文件和MoPAC Cosmo结果文件。对于ADF COSMO-RS福彩3d字迷,建议的选择是使用ADF COSMO结果文件。

第1步:启动ADFInput

对于本教程,我们更愿意在单独的目录中工作,例如名为教程的目录,如图所示 入门教程.

开始 adfjobs. (在您的主目录中),然后移动到教程目录:

开始adfjobs.
点击on the Tutorial folder icon

下一步使用SCM菜单启动ADFInput。

选择SCM→新输入菜单 command.

第2步:创建分子

首先,我们构建水分分子,并将其几何形状预先优化:

通过单击按钮选择O-Tool‘O’
点击somewhere in the drawing area to create an oxygen atom
单击使用箭头的按钮选择“选择”工具
点击once in empty space so nothing is selected
选择 原子→加氢
点击the optimizer button

你的水分子应该看起来像这样:

../_images/t1_wateradfinput.png

第3步:ADF COSMO结果文件

下一步是使用ADF优化气体几何体,并在优化的气相几何形状下执行ADF COSMO福彩3d字迷。

在标题字段中输入合适的标题(如‘water’)
选择 预设→Cosmo-Rs化合物
../_images/t1_watergo.png

对于您的信息,气相几何优化的正确设置是:BECKE廉价交换功能功能(GGA:BP),使用标量相对论Zora Hamiltonian,TZP小核心基础集(用于碘A TZ2P小核心基础集),并具有良好质量的集成精度。 类似于较重元素的碘,建议使用TZ2P小核心基础组。请注意,这些设置用于优化COSMO-RS参数。

使用正确的选项,现在运行ADF:

选择 文件 → Run
在文件中选择框中,选择a name for your file (for example ‘water’)
然后点击‘Save’

现在,ADF将自动启动,您可以使用自动显示的日志文件进行福彩3d字迷。

等到优化和ADF-COSMO福彩3d字迷准备就绪(应该花很少时间)
点击‘Yes’在弹出窗口中读取从.t21文件中读取坐标。

现在水分子的几何形状是优化的,并且已经进行了ADF COSMO福彩3d字迷。结果文件Water.coskf是ADF Cosmo结果文件,可用作COSMO-RS福彩3d字迷的输入。

请注意,.coskf文件不是完整的.t21文件。例如,如果具有这样的.coskf文件,则只能使用ADFView查看Cosmo表面电荷密度。因此,一个.coskf文件大多用于cosmo-rs福彩3d字迷。

如果您不想优化几何体,请将1设置为几何迭代次数 详细信息→几何融合。有关Cosmo福彩3d字迷中使用的参数的更多细节可以找到 型号→溶剂化, 和 详情→Cosmo.。也可以看看 Cosmo-Rs.手册.

第4步:MOPAC COSMO结果文件

可以以几乎与ADF COSMO结果文件的方式创建MOPAC COSMO结果文件。在这一步中,我们将跳过制造水分子的第一步。我们会将程序从ADF更改为MoPAC,然后选择COSMO溶剂化方法。

选择 adf→mopac.
选择 溶剂化方法→COSMO-CRS
../_images/t1_watermopacmenu.png

为清楚起见,我们将在不同的名称下保存COSMO福彩3d字迷,并运行福彩3d字迷

选择‘Save As...’ command from the ‘File’ menu
在文件中选择框中,选择‘water_mopac’作为文件的名称,然后单击‘Save’
选择 文件 → Run
等到优化准备好(应该花很少的时间)
点击‘Yes’在弹出窗口中从.rkf文件中读取坐标。

福彩3d字迷完成后,文件Water_mopac.coskf,它是MOPAC COSMO结果文件,可用作COSMO-RS福彩3d字迷的输入。

请注意,MOPAC是半经验量子化学计划,而ADF基于密度泛函理论(DFT)。因此,MOPAC COSMO结果文件不会与ADF COSMO结果文件相同的质量。

如果选择,则可以找到设置的COSMO参数的一部分 详情→运行脚本。技术上,Adfinput将为MoPac添加一些关键字(另见 http://www.openmopac.net)在MOPAC COSMO福彩3d字迷的情况下:

PM7 EPS = 9999.9 RSOLV = 1.3 COSWRT NSPA = 362